“一國”是“兩制”的前提，“兩制”是香港的特色和中央的承諾。因此，港區國安法儘管根本目的是止暴制亂，維護國家安全，但在內容上仍處處維護和支持特區政府的高度自治權，在機構設置上有多處明顯體現。
港區國安法第二章第二節關於機構設置的第一條規定，“香港特別行政區設立維護國家安全委員會”。該委員會由行政長官擔任主席，成員為香港政府各相關部門負責人，職責是分析研判港區形勢，制定維護國家安全政策等。
戴維•羅特科普夫在《操縱世界的手——美國國家安全委員會內幕》一書中明確說，國家安全委員會是美國最有影響力的組織，圍繞國家安全做出的決策是美國最核心的決策。香港維護國家安全委員會是中國第一個由法律確定構成的地區性國家安全事務決策機構，其成員均來自香港政府。中央駐港維護國家安全公署的主要職責僅是政策的意見建議權，並非決策權。僅此一條，已充分顯示了中央對特區政府的高度信任。而在此之外的其他條款，更將港區維護國家安全的執法部門、檢控部門、司法部門，均設於香港內部，充分體現了對香港自治權的高度尊重。
立法、司法與行政
港區國安法有關特首指定法官處理危害國家安全犯罪案件的規定，被一些人認為是違反司法獨立原則。這種指責，既沒有理解立法者的良苦用心，本身也是在罔顧事實基礎上的雙標。
司法公正是法律執業者的立身之本，也是法治社會的核心要求。香港近年來暴亂頻發，但警方在極大壓力下逮捕數千名疑犯，均被香港法院輕判並予保釋。民間團體發起“法庭監察”行動，表示香港法庭對不同衝突案件的裁決令市民感覺涉嫌雙重標準，因此希望對法官與裁判官進行監察和問責。《大公報》2019年6月18日發表題為《法官絕不能充當暴行庇護者》的文章，提出路透社採訪的三名法官均反對《逃犯條例》修訂，令人憂慮政治勢力介入法官層面到底有多深？
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