可能就是被賦予了這項最高預算編制權，才導致菅直人和藤井裕久在理念和政策導向上的衝突。年近八旬的藤井曾於1993年後出任細川護熙和村山富市內閣的大藏大臣（相當於財務大臣），加之其是深得對手自民黨及大財團領袖敬重的“財務通”，所以儘管年歲已高且健康狀況不佳，依然被鳩山強力延攬參選眾議院並入閣擔當重任。然而，藤井是帶有保守傾向的財政專家，認定無論政治需要如何急迫，發行國債和財政赤字都不能超過比例警戒線。同時藤井還支持強勢日元政策，覺得在當前面臨危機的背景下，這對於扭轉長期以來日本過度依賴出口的經濟模式大有裨益。
但菅直人是從選舉政治大局看待上述問題，認為為了贏得經濟景氣從而維持民意支持率、鞏固民主黨政權，發債規模和財政赤字有所突破是必要的策略，同時認為現階段舒緩日本經濟低迷的有效措施是放慢日元走強步伐，從未維持日本出口競爭力，推動整體經濟復甦。藤井是資歷深厚、德高望重的學院派財經專家，面對年富力強、炙手可熱的權勢人物菅直人多方干預甚至掣肘，自然萌生去意，剛好生了一場小病就幹脆借坡下驢掛冠而去。
儘管藤井離開讓鳩山內閣財經團隊損失一員大將，但相比於此前自民黨執政時期，其現有團隊依然豪華強大。你可以說鳩山缺乏執政經驗，但卻不能簡單斷言其財經團隊也缺乏經驗。其核心層除菅直人外，還有現年72歲、曾任交通大臣、建設大臣的自民黨前元老、現任國民新黨黨首的龜井靜香出任金融兼郵政問題大臣，現年63歲、曾任民主黨政調會長的直島正行擔當經濟產業大臣。這幾人都有日本名校經濟類或法學教育背景，除直島外也都有過閣僚經歷。鳩山財經團隊外圍則有厚生勞動大臣長妻昭、環境大臣小澤銳仁、消費者和食品安全大臣福島瑞穗、農林水產大臣赤鬆廣隆等，雖然均屬首次入閣，但其議員經歷都很豐富，不少也是影子內閣成員。
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