儘管馬政府在前線衝刺談判，綠營仍不停在背後扯後腿，例如民進黨“立院黨團”指出，台灣今年一、二月對中、港出口值是歷年新高，對東協六國的出口也是歷年次高，以此駁斥馬政府一再強調“東協開始運作後，台灣若不簽ECFA，將經濟邊緣化、產業空洞化”的論調；而“立委”潘孟安則更清楚表示，數字顯示沒簽ECFA不會使台灣邊緣化；而台聯黨主席黃昆輝更指出，倘若簽定ECFA，台灣將因小失大、短多長空；如果簽署ECFA，拆除台灣和中國大陸貨品、人員、資金、技術流通的關卡，等同於台灣經濟發展的緊箍咒。更甚者，馬政府在替台灣未來尋出路，但場外聚集大批綠營支持者，以肢體衝撞警方封鎖線、施放沖天炮及焚燒五星旗等方式抗議，而“警政署”則擔心引爆大規模衝突，更引發與中華統一促進會成員對嗆，爆發零星衝突，種種跡象都顯示馬政府內外交迫，勞心勞力程度可見一斑。
當然洽簽兩岸經濟協議，具有正負雙面衝擊及效果，馬政府勢必亦會採取相關措施來處理。就正面效應來說，日前“經濟部”委託中華經濟研究院進行“兩岸經濟合作架構協議之影響評估”已於2009年7月底對外公布。根據該評估結果，台灣經濟成長率將提高1.65%至1.72%，總出口量將上升4.87%至4.99%，總進口量將上升6.95%至7.07%，而社會福利增加77.1億美元至77.7億美元，台灣目前約1，010萬的總就業人數將可望淨增加25.7萬人至26.3萬人，種種數據都說明兩岸經濟協議確實對台灣帶來許多好處；另外，由於台灣目前已經開放與中國大陸的海運及空運大三通，有效降低兩岸的運輸成本，故未來也可藉由洽簽兩岸經濟協議的契機，使台灣取得領先競爭對手國進入中國大陸市場之優勢、成為外商進入中國大陸市場之優先合作夥伴及門戶、有助於產業根留台灣、更有助於中國大陸台商增加對台採購及產業競爭力、加速台灣發展成為產業運籌中心等其他效益。
就負面效應來說，馬政府也無可避免將會面臨到這些難題及挑戰，包括洽簽ECFA不是只對台灣帶來好處，也將使台灣對大陸降稅的產品，帶來負面衝擊。針對負面衝擊部分，馬政府亦編列950億元預算來協助因應。另外，像是台灣的電機電子產品業、其他運輸工具業、木材製品業將因簽署ECFA而產生負面衝擊，依序為負7.24%、負3.6%、負4.0%，對於台灣的電機電子產品業，衝擊不可謂之不大；面對這樣的情況，台灣未來可能受衝擊之產業，馬政府除將運用協商策略，爭取對台灣有利之條件外，針對台灣部分屬內需型、競爭力較弱、易受貿易自由化影響之產業，如家電、鞋類、成衣、陶瓷面磚、石材等，並給予適當輔導，協調轉型升級，以提升競爭力。
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