其次，由於兩岸事務性質的特殊，使得經合會必須參酌許多例子，包括北美自由貿易區、東盟、歐盟及CEPA等經驗，其目的無非是要避開兩岸敏感的政治問題，但經合會正式運作後，是否真能避開這些極具爭議性的主權問題，恐怕更需要兩岸當局的智慧及用心來呵護這得來不易的結果，有默契地雙方都跳脫意識形態的制約，如此方能使兩岸間經貿關係能夠健全及永續性發展，共創雙贏局面。
再者，由於大陸海協會副會長鄭立中致詞時表示，兩岸經濟協議（ECFA）已明確載入大陸十二五計劃，未來將積極落實ECFA各項協議，並期許經合會首次例會能在“平等協商”、“互諒互讓”基礎上圓滿成功。鄭副會長一改過去“讓利”說，而呼籲兩岸應在平等協商、互諒互讓基礎上。這一番談話，將使台北當局感受到未來ECFA後續協議中的大陸讓利部份，勢必將是有底限的，雙方要互諒互讓；台北當局在政治上要求與大陸平等協商，大陸當局在經貿上也提出平等協商，雙方各有堅持，都在各自的立場及基礎上要求平等對等，那麼兩岸未來ECFA後續談判，勢必雙方都會更加謹慎處理。
大陸此時提出“互諒互讓”的協商基礎說，亦即表示未來大陸將會視情況而讓，讓利不是絕對的而是相對的，這對台灣來說顯然是十分不利，必須尋找因應之道，因此未來台灣在面對ECFA後續談判議題，例如貨品貿易、服務業貿易、爭端解決機制及投保協議等協商議題，勢必充滿了變數與挑戰，而其結果更會影響緊接而來的兩場大選，因此馬政府實在不可小覷。
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