對於台灣各方的解讀，國台辦主任王則強調，平潭開發是經濟項目，不是政治項目，也不是一國兩制項目，大陸從沒這樣的想法，更認為“陸委會”對兩岸發展態度太消極，好像又回到‘戒急用忍’時期。
從兩岸當局的反映看來，一個平潭實驗區，正好暴露出兩岸在此階段的難點及障礙，僵局看似無解的跡象。台灣希望在經濟方面有所突破，因此不希望碰觸到任何政治敏感的部分；而大陸方面或許沒有就政治來談的起心動念，但卻給台灣方面帶來疑慮，雙方的疑義仍在，障礙難除，互信基礎薄弱，本位立場堅持，因此產生各自解讀與各自表述的情況，像是兩條平行線永遠都沒有交集。
對於這樣的現象，其實相當正常，兩岸正要面臨一個重要考驗的關卡，有可能事事都無法達成共識，正要面臨難題的局面，令關心兩岸發展者不禁捏把冷汗，兩岸當局是否有足夠的智慧及耐心，沉著因應複雜難解之各項議題。
對於平潭實驗區，首先是雙方如何對此定位的問題，這是一種認知問題，看問題的視角確有差異；其次便是針對平潭當地投資環境評估、法令規範、台商態度及處理爭端機制等技術性問題；再者是否能將平潭變成試點區？兩岸能否避免不必要的聯想？
將台灣的管理制度、模式，經由平潭地區帶入對岸是否太過樂觀看待？此時平潭實驗區狀況尚未明朗，兩岸雙方也尚未開始溝通，台商進駐的時機也尚未清楚，平潭實驗區兩岸若想要在短期內有所交集，甚至突破，恐怕並不樂觀及容易。
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