教派衝突日趨激烈。卡拉奇宗教學校盛行，僅城區就有數百所之多，最富裕地段的宗教學校都屬於遜尼派迪奧班迪學派，與“巴基斯坦塔利班”等極端團夥意識形態相同。這些宗教學校不僅傳授嚴格的遜尼派教義，更是大肆鼓動反什葉派行動，其中最突出的是一所蘇爾坦（Sultan）清真寺，不僅公開支持塔利班，其阿訇還不斷發布反對什葉派的訓令。卡拉奇反什葉派運動還與“基地”等國際伊斯蘭恐怖陣線聯繫密切，2007年12月，“基地”二號人物扎瓦赫裡就公開表示伊朗什葉派與美國共謀占領阿富汗，從而傷害了遜尼派穆斯林感情，將永遠受到虔誠穆斯林的打擊。由於這些極端思想的傳播，歷史上卡拉奇就屢屢發生大規模宗教衝突，不僅什葉派，甚至保持中立的遜尼溫和派也在被打擊之列。面對遜尼派極端勢力的持續壓迫，當地什葉派也不甘受辱，奮起反抗，2008年9月卡拉奇什葉派就宣布，如果政府不能保護他們安全，他們就要舉行大規模遊行示威。2009年12月28日，該市什葉派穆斯林舉行阿舒拉節紀念活動時遭自殺式襲擊，40多人死亡，60多人受傷，隨後憤怒的什葉派穆斯林發動騷亂，焚毀了至少500間商店以及9座建築物。
卡拉奇有可能成恐怖分子新戰場。首先，卡拉奇是除部落區外普什圖人最大聚集地，總人數超過100萬，而“巴基斯坦塔利班”主要由普什圖人組成，兩者之間有著天然的聯繫，1月8日巴軍方也宣布斯瓦特河谷地區潰逃的塔利班分子除部分逃到南瓦濟裡斯坦外，更多人已經潜逃至卡拉奇。
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