美方則頻頻指責巴政府、軍隊內部有勢力庇護拉登，而且懷疑其巴方情報機構同伊斯蘭極端組織有聯繫，反恐“出工不出力”。如近期美曾提前向巴通報有關部落區塔利班兵工廠的消息，但巴軍趕去圍剿時，早已人去樓空，事後美方再度懷疑巴方內部有人與巴塔勾結導致走漏消息。至於巴方反感的無人機襲擊則從未停止，而且鑒於其戰果輝煌，力度更比以往更強。5月2日至今，無人機在巴境內發動了20起以上襲擊，打死上百人，“基地”組織重要軍事指揮官、“聖戰者運動”領導人伊爾亞斯.卡什米里也可能死於美軍空襲（消息未得到官方證實）。
正如美總統辦公廳主任所稱“美巴關係非常複雜”，兩國既相互依賴，又貌合神離；一方面維持既有合作，另方面又矛盾不斷，其實質是兩國國家利益相互衝突所致。
從美國立場出發，反恐需要巴方協助。6月29日，美方公布最新國家安全戰略中，“基地”組織及其分支成為最重大直接威脅，而美方認為“基地”等極端組織依舊以巴阿部落區為大本營，鏟除基地離不開巴方幫助。5月底希拉里訪巴就曾明確提出希望巴協助逮捕的恐怖分子名單，如“基地”現任領導扎瓦赫里、“哈卡尼網絡組織’領導人哈卡尼等。美新防長帕內塔7月9日突訪阿富汗，表示扎瓦赫里正藏匿在巴境內，但巴軍方則針鋒相對，明確要求美方共享扎瓦赫裡的相關情報，準備將其繩之以法。
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