如果穆兄會政黨獲勝，其首先面臨與軍方如何處理關係問題。從理論設計看，一旦總統產生，武裝部隊最高委員會將向民選政府移交權力。但埃及是一個軍隊對政壇具有重要影響的國家。未來總統駕馭局勢能力和治理國家能力都存在考驗，軍隊仍可能會發揮關鍵性影響。種種跡象表明，軍方並不想讓穆兄會掌控埃及。未來涉及軍權、軍政要員特權和軍隊特殊經濟利益，軍方未必會真正妥協。當然，像土耳其、巴基斯坦、阿爾及利亞等伊斯蘭國家一樣，埃及軍隊也在維護世俗化政體中起著重要作用。
埃及軍隊的影響，加上良好的世俗化基礎，以及國際發展大潮的影響，預計宗教政治力量不會輕易選擇極端保守的宗教政治路線。而模仿土耳其正義與發展黨執政模式的可能性最大，這也在美西方的容忍和默許範圍之內。據分析，此次總統大選中，莫爾西得票率低於預期，與2011年議會選舉中的優勢相比，兄弟會的整體表現較弱，這顯示出世俗化程度較深的埃及民眾仍對穆兄會主張仍保持一份警覺。
埃及新總統還面臨外交挑戰和重任，比如，如何在新環境下推進與以色列的傳統關係，推進與美國、歐洲國家關係，重新樹立埃及在阿拉伯世界、在西亞北非、在非洲地區的大國地位和影響等。以色列對地區局勢憂心忡忡，它本來就不贊成“阿拉伯之春”，擔心伊斯蘭政治力量坐大並走向政治前台。
中東局勢正從以往幾十年以色列能夠基本把握，向以色列心中無底的方向發展，這也是1年多來以對中東時局少說話、多觀察、保持低調的重要原因。美歐一方面希望埃及總統大選成為西亞北非地區的民主選舉樣板，同時患得患失，對伊斯蘭政黨感到沒有把握。 |
