三沙警備區還可協調軍地關係，故也可以對海監、漁政等地方職能單位發揮協助功能。試想，如果黃岩島中菲對峙事件再次發生，三沙市派出海監執法船應對菲方挑釁，則三沙警備區有責任對事件全程監控與指揮調度，從而發揮其能力範圍內保衛中國南海主權的作用。而一旦事態發展失控，警備區指揮機關則必須上報海南省軍區和中央軍委，以迅速調動更大兵力與艦船前來處理事態。
三沙警備區機關設在西沙永興島，其地理位置使海南軍區的前線指揮功能得以向南海腹地延伸，提高了其軍事觸角的靈敏性與軍事行動的反應性。換句話說，三沙警備區是解放軍鎮守中沙、西沙、南沙前線的前哨陣地，能更好地偵測與反應南海各海域的動態。於是，一方面使解放軍自身守疆護土功能大大提高，也可更積極有效地策應駐防太平島的中國台灣守軍。後者對兩岸關係產生積極影響，意義超出單純的解放軍布防。
三是有利於加大南海經濟開發建設。 在提高西沙、中沙及南沙各群島的行政管理及國防保衛的基礎上，三沙市的設立定能使中國對南海的經濟開發更加有效有利。由於三沙市屬於地級市，屬於海南省的一級行政派出機關，其所轄的南海海域油氣資源的開發自然就受到海南省國土開發管理機構的統籌規劃與管理。
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