但與此同時，也要指出的是，在釣魚島問題上日本政府跟東京都當局既有明顯的分歧，更有共同的地方。共同之處在於，二者都是在力圖維護日本的國家利益，分歧之處在於，二者在維護國家利益的方式上有明顯不同。
在東京都政府看來，搞釣魚島的情況調查，可以藉此彰顯和強化釣魚島的日本屬性，這對日本來說是利大於弊。但在日本政府看來，如果批准東京都政府的所謂調查申請，中國肯定要做出對等的報復，中日關係勢必進一步惡化。在目前日本仍對中國有諸多戰略性需求的情況下，這樣做無疑不利於日本的國家利益。況且，如果因為登島調查導致兩國關係惡化，日方是事端的始作俑者，日本政府必將成為眾矢之的。這不僅不利於日本的國家利益，也對穩定野田政府的執政現狀不利。正是考慮到這些因素，野田政府才對東京都當局的過分申請予以了駁回。
所以，比較一下日本政府與東京都當局兩類都自認為是“愛國”的做法，可以發現，前者府在處理釣魚島問題上，要比後者站得更高、看得更遠、考慮得更深、更透。在具體處理問題的方式上，也更老到和成熟。
這樣的區別不僅表現在日本政府和東京都當局之間，日本政府與民間也有類似的情況。近年來，日本民間的右傾趨勢越來越明顯，日本政府雖然也在順從這種趨勢，但總起來說要比民間輿論要理性和冷靜得多。之所以如此，是因為日本政府深知，現在還不是和中國搞攤牌對抗的時候，日本在很多方面還對中國有戰略性需求，比如在朝鮮問題上、在“入常”問題以及在地區安全問題上，等等。
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