與此同時，香港在發展過程中仍然存在很多問題，嚴重制約了香港的長期可持續發展。如在經濟上，香港經濟中的結構性制約因素仍然對香港的發展造成挑戰。首先，易受外部經濟環境衝擊。香港作為一個高度外向的城市經濟體，受外圍國際經濟環境的衝擊較大。當前外部經濟環境動蕩，不確定性和不穩定性加劇了香港經濟的脆弱性，嚴重制約香港經濟的發展。當下美國經濟疲弱、歐洲形勢不穩、日韓經濟萎縮、內地增速放緩等成為香港經濟發展最大的外部負面因素，香港經濟下行風險增加。2012年第一季度，香港經濟增長只有0.4%，是2009年第三季度以來的最低水平。歐美經濟的波動對香港出口造成的影響，需求減少。若歐美經濟再度出現深度衰退，香港經濟將面臨衝擊。
其次，經濟發展結構不合理。傳統上香港經濟一直依靠金融、旅遊、貿易和專業服務四大支柱產業。但近年來經濟發展過程中出現畸形化，製造業比重持續下降，基本經濟結構過於偏重地產、金融等少數服務業。這種經濟發展過度依賴以金融和地產經濟等服務業支撐的經濟產業結構，造成產業發展失衡、經濟轉型緩慢、泡沫化風險增大，香港經濟依靠內部增長需求帶動效應乏力。近年，香港賣地收入幾近占到政府年度總收入的30%。香港經濟的產業結構，以就業人數計算，服務業所占比重從80年代初的47%增至當前的87.5%，製造業則由41%降至4%；以實質本地生產總值計算，服務業比重由74%增至92.6%，製造業由17%跌到1.8%。因此，造成香港經濟“空心化”現象。
政治上，香港政治生態複雜多變，政治爭拗不斷，未來政治發展仍存在挑戰。第一，特區政府管治權威削弱。香港政府施政面臨越來越多的掣肘因素，同時管治隊伍僵化，管治手段缺乏，導致施政步履維艱，在多起經濟、社會問題上應對失當、管治失效，引發民眾對特區政府管治能力的嚴重不滿。加之近年香港社會矛盾深化，社會流動性減弱，社會呈現碎片化狀態，社會議題、民生議題普遍呈現泛政治化傾向，嚴重影響政府施政效率。第二，各種政治利益交織，政治內耗愈加嚴重。政府、立法會、政黨各種利益交織、交叉，加之政治理念的差異，各利益團體的政治利益關係複雜，各種力量不斷分化組合。兩大陣營之間的矛盾以及建制派、反對派內部都出現不同層次的分裂。近期一些事件對香港的廉潔形象造成衝擊，政府要反思和進一步完善反腐機制。政治爭拗影響經濟、社會、民生問題的有效解決。
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