親炙錢穆
1949年底，協中公夫婦由台灣移居香港，隔年元月，餘教授赴港和家人團聚，自此離開中國，變成“海外的流浪者”。其時錢穆（1895-1990）和朋友在港草創新亞書院，2月，餘教授在協中公帶領下經錢氏親自考試，進入新亞就讀。前此餘教授已讀過錢穆名作《國史大綱》與《中國近三百年學術史》，推崇備至，如今得以親炙其人，遂開始多年溫篤的師生之情，常以《國史大綱》小叩大鳴，進而專攻漢魏南北朝的社會經濟史，如是者五年。
1952年夏，餘教授自新亞畢業，在香港小學任教兩年。其間，餘教授亦常叩門，私下向錢穆請益。錢穆移居台灣後，餘教授每有來台的機會，亦必躬詣外雙溪素書樓，聞問受教，一時傳為杏壇佳話。錢穆本人是近代新儒家的典型，但他和別出儒如張君勱（188-1969）、唐君毅（1909-1978）等人有所不同，絕不以門戶匡限自己，反而承襲了“北宋以來綜匯經、史、文學的儒學傳統”，尤宗朱熹。錢穆的身教與主張，日後對餘教授有絕大之影響，終身幾不以歐陸哲學家的語言討論儒學。
求學哈佛
錢穆之外，余英時教授的另一師承是哈佛大學的楊聯陞教授。
1955年春，餘教授以哈佛燕京學社訪問學者的身份抵哈佛大學，嗣因得遇楊聯陞教授，乃入歷史系側身門下，正式在哈佛大學攻讀博士學位。在學問上，楊聯陞教授主張“訓詁治史”，其次是從食貨志出發，致力於經濟史的研究。餘教授在兩方面都深受影響，“訓詁治史”實近觀念史的研究，從文化中的關鍵詞匯審視史嬗。余英時教授罕做類似題目，但“訓詁治史”本身走的就是思想史的取向，是以餘教授初讀柯靈烏（R. G. Collingwood， 1889-1943），旋即為之折服，頗服膺“一切歷史都是思想的歷史”，等於為日後的學思生涯覓得重心，也為他的博士論文《東漢生死觀》（“Views of Life and Death in Later Han，”1962）打下深厚的基礎，終於完成協中公未竟的博士學位。
楊聯陞在食貨志上的研究，最後形成餘教授首部出版的英文專書《漢代貿易與擴張：漢胡經濟關係的研究》（Trade and Expansion in Han China： A Study in the Structure of Sino-Barbarian Economic Relation， 1967），討論河西走廊一帶的絲路貿易。兩者的結合，顯然是晚出的《中國近世宗教倫理與商人精神》（1987）。
哈佛大學畢業後，餘教授先赴密西根大學執教，1966年，再回哈佛任職，此後則因其英文專著出版，開始在美國學界嶄露頭角，也因其中文著作而使閱眾大增，影響遍及東西兩洋的華人地區，甚至促使歐美語言的世界，也不能不廣為參考。
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