第二次宣布退休是在2013年，這一次比起7年前顯然“有備而來”。2013 年9月10日，馬雲通過內部郵件披露了阿里巴巴集團合夥人制度。他表示，該項制度早於2010年開始在集團內部試運行，試運行3年後，阿里巴巴合夥人制度可以正式宣布了。“我們不一定會關心誰去控制這家公司，但我們關心控制這家公司的人，必須是堅守和傳承阿里巴巴使命文化的合夥人”。
在那一年的淘寶十周年慶典上，48歲的馬雲單膝跪下宣布卸任阿里CEO，他哽咽地說：“相信年輕人會比我們做得更好。”這個畫面也成為中國互聯網史上難以忘卻的一幕。與馬雲一起卸任的，還有阿里創立時 “十八羅漢”的其餘17位創始人。這標誌著阿里巴巴第一個十年結束，新的十年開始。
2018年9月10日，馬雲宣布將於次年同日卸任阿里巴巴董事局主席一職。相對而言，因事前已多次在媒體上透露消息，事後對投資者和大眾“安撫”，阿里巴巴這位“靈魂人物”卸任董事局主席，權力交接給企業帶來的負面影響都被降到了最小。
接班人和實控人
創始人、股東、永久合夥人、已卸任的CEO和將卸任的董事長，馬雲在阿里有著多重身份。這也使得其退休計劃遷延了十多年。
時代周報記者採訪多位阿里內部人士了解到，對於馬雲退休及外界的猜疑，阿里人大都認為這是阿里實行合夥人機制使然。
在三次退休之際，馬雲都為阿里做了一系列安排。其中，2013年馬雲卸任阿里CEO時，阿里調整了公司組織架構、入股了新浪微博以及布局了移動互聯網產品等；2018年退休之前，阿里則宣布了上述提及的公司VIE架構調整。
阿里作為美股上市公司，明確公司控制權歸屬的VIE結構是必須架構。在此次調整之前，馬雲和謝世煌為阿里巴巴4個重要實體公司的實際控制人，即淘寶軟件公司、浙江天貓技術有限公司、浙江阿里巴巴雲計算有限公司、杭州阿里巴巴廣告有限公司。
馬雲和謝世煌退出這4個實體公司股權後，阿里巴巴的VIE架構發生改變，阿里巴巴的5個重要實體公司控制人變更為阿里巴巴在職高管。阿里巴巴在早先的回應中表示：“此項調整早在2018年7月年報中披露，把相應股權交由合夥人持有，將保證阿里巴巴合夥人制度在公司治理中發揮作用。”
在上述回應中，阿里方面進一步表示：“這個調整不涉及阿里巴巴集團層面的股權調整，也不影響阿里巴巴合夥人機制。馬雲仍將擔任阿里巴巴合夥人並繼續在阿里巴巴合夥人機制中發揮重要影響力”。
截至目前，馬雲還擁有阿里巴巴集團6.4%的股權，為集團第三大股東。而作為阿里巴巴的兩個永久合夥人之一，馬雲享有的是提名簡單多數（50%以上）董事會候選人專有權，即無論合夥人提名的董事，股東會是否同意，合夥人都能讓自己人行使董事的權利。
一不願具名的業內人士向時代周報記者表示，科技公司高管套現實屬正常，國內外都有先例，但在公司實際控制權上，就如聯想的創始人柳傳志和華為的創始人任正非等一樣，並不是靠股權的多少來實施。
此前潤米咨詢董事長劉潤就曾對媒體表示，馬雲此次宣布將辭去董事會主席一職並非真正“退休”。阿里的董事局之上的合夥人制度，是“董事長的董事長”，“當他有一天放棄這個位置的時候，才是真正意義上的退休”。
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