起終點的設置，首要考慮的因素是地域空間較大，能容納選手的集結，還要有一定的空間放置選手的存包。此外，還要留出賽事指揮、裁判、醫療、媒體、通訊等的工作區域。
交通問題是重中之重。目前大多數馬拉鬆比賽時間在早上7-8點，選手參加比賽，至少要提前2小時起床；之後交通到達、存包、熱身。
這其中，交通便利是非常重要的，如果起點在地鐵站或大型交通樞紐附近是最好。對一些本地郊區的選手來說，如果交通便利，則可當天早起到達比賽起點，畢竟在家可以吃得好、睡得好。
當然，不少賽事為了傳播效果，起點設置在城市地標建築或中心區域，如果空間比較大，不考慮擠占過多公共資源的情況下，也沒有問題。
從上述幾個角度考慮，起點設置在體育場（館）、展覽中心是比較好的。因為這些地方對本地選手來說比較熟悉，對外地選手來說也比較好找。即使問路，大多數本地人也知道，地圖上也有標記。
再者，體育場（館）和展覽中心有封閉的作業空間，可以放置大量物品、存放物件，即使刮風下雨，也不大影響，無需臨時搭建；且這些地方還有現成的電力供應、網絡，便於工作開展。
終點的設置其實和起點大同小異。
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