第二，增加了兩岸關係發展的變數與複雜性。事件發生之後，大陸靜待台灣方面負責任的說明和解釋，對事件的反應可以說相當低調和克制，這一點連陸委會也承認；但民進黨有些政治人物卻指責大陸藉機進行政治炒作、向蔡政府施加政治壓力。作為應該處理問題的一方，卻去指責被飛彈針對的一方，是不應該的。這也說明蔡政府處理兩岸關係的能力有待加強。經過這一事件，民共的政治互信不是加強了，而是弱化了；兩岸關係的變數和不確定性不是減少了，而是增加了。
第三，突顯兩岸沒有暢通的溝通聯繫機制的嚴重性和危險性，增加了蔡政府重構兩岸政治基礎的壓力。事發之後，無論蔡政府還是社會各界，都強調兩岸溝通機制的重要性，甚至不少人建議要建立兩岸軍事互信機制。但目前兩岸溝通機制的中斷，是由於大陸認為民進黨沒有承認九二共識，兩岸沒有共同的政治基礎造成。對於台灣希望大陸釋放善意，張志軍7月6日說，堅持九二共識就是大陸最大的善意；過去幾年兩岸取得的成果有目共睹，事實證明，保持兩岸關係和平發展和台海的和平穩定，必須堅持九二共識政治基礎。筆者認為，這不能理解為大陸藉機施壓，因為大陸的原則立場相當一致，在蔡政府執政之前就表達得很清楚，上台之後並沒有改變或加碼；蔡政府無論是要維持兩岸現狀，還是要持續推動兩岸關係和平發展，包括重啟兩岸溝通聯繫機制，如何重構兩岸共同的政治基礎，是迴避不了的問題。
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