修閘蓄水不一定是壞事。但是我反覆強調，要把漁民轉產轉業。鄱陽湖的漁民用“迷魂陣”捕魚，小魚也不放過，還有一些人使用電捕，對魚類資源破壞非常嚴重，江豚很難找到魚吃，鑽進“迷魂陣”，就會困死在裡面。把漁民轉產轉業的同時，也要依據《漁業法》嚴格取締破壞魚類資源的漁具漁法。
《瞭望東方周刊》：有說法是，現在東湖的生態系統面臨非常嚴峻的挑戰。
曹文宣：東湖的生態系統現在比較糟糕。過去，有很多野鴨、水鳥在武漢東湖過冬，現在沒有了，原因就是沒有魚蝦、苦草等食物了。
1955年大學畢業，我就分配到了中科院水生生物研究所工作，到現在有58年了，我親眼目睹了東湖的變遷。
上世紀60年代初，東湖有29科53屬83種水生植物，到了90年代初期減少到52種。2013年全湖水生植物僅有14種。60年代東湖有魚類79種，現在不到20種。
東湖生態系統遭到破壞，生物多樣性下降，水體自淨功能也隨之喪失。現在東湖底泥中有很多有機污染物，過去曾是6個自來水廠的水源地的東湖，現在甚至都不能游泳。現在東湖就是一潭死水。
想要通過生態修復讓東湖恢復曾經的生機，尤為重要的就是恢復江湖聯繫，恢復水位季節性波動。冬天把湖水排到長江，把水位降下來，讓湖底更好地接受陽光照射，通過紫外線照射降解湖底有機污染物，讓水生植物恢復。第二年湖底植物重新萌發成長，才能更多地吸收氮、磷等元素，從而緩解水質富營養化。
同時，要放棄漁產，不要大量放養一兩種魚。恢復江湖連通後，湖中的魚將會形成自然的群落結構，可以發展游釣業。另外，還要把東湖周圍的企事業單位排放的污水分流，用污水管道排走，不能排到東湖。
另一個，太湖生態系統也不樂觀，主要有兩方面原因。首先，太湖沿湖地區工業比較發達，特別是鄉鎮企業把大量的污水排進太湖；另外圍欄養魚嚴重破壞了太湖原有的生態系統。
現在長江無魚可捕
《瞭望東方周刊》：長江水系外來魚類物種入侵情況是怎樣的？
曹文宣：外來物種入侵現象越來越多，不過各個地方不同。比如洞庭湖，有些外來魚類和本土魚類爭搶食物，有些魚卵與幼魚也被外來入侵魚類吃掉。外來魚的種類已經很多，對當地魚類的生存環境產生不小影響。外來魚類入侵是非常嚴重的問題。
現在長江水系發現了本屬於黑龍江流域的史氏鱘和鰉，還有從國外引進的俄羅斯鱘、西伯利亞鱘、雜交鱘等魚類。原因是這些鱘魚大都沒列入保護動物，有些人就在長江水系養殖，當有些網箱出現了問題，它們就跑出來進入了長江。最令我擔憂的是，我們長江特有的達氏鱘同這些鱘魚在一起可能會出現雜交，改變物種的遺傳性質。
《瞭望東方周刊》：建設三峽工程時，曾建立了“長江上游珍稀特有魚類國家級自然保護區”，它的情況怎樣？
曹文宣：三峽工程修建過程中，先是修建了一個“長江上游合江—雷波段珍稀魚類國家級自然保護區”。後來由於金沙江要修建溪洛渡、向家壩水電站，自然保護區進而調整到了向家壩以下，新增加了赤水河，一直到重慶的馬桑河河口。2007年重慶想要修建小南海水電站，小南海到馬桑河口有二十幾公里，這裡原來是實驗區，進而馬桑河口以下的江段也需要調整成保護區。中央基本同意這裡的調整，具體由環保部劃定界限，目前還沒有劃定。調整過程中，珍稀特有魚類自然保護區的核心區沒有調整。
僅在保護區的第一次調整中，國家就撥付了3.82億元資金，貴州、雲南、四川、重慶四個省區都拿了錢，特別是貴州分到不少，但有些人拿到錢買船、買車、修房子，管理不到位。在保護區內捕撈特有魚類的現象屢禁不止，談何“保護”？
其實近20年來，隨著長江水資源的開發，還是做了很多工作，比如實行了長江水生資源保護計劃，另外還設立了禁漁期，等等。但是在我看來，效果還不是很理想，對破壞魚類資源的漁具不能很好禁止。
嘉陵江、漢江基本上都是電魚船，洞庭湖等地捕魚的“迷魂陣”遍布。白鰭豚、白鱘滅絕，江豚種群數量劇減，根本原因就是食物匱乏。
近年來，國家每年都在長江放流魚苗。2010年全國共投入增殖放流資金7.1億元放流經濟物種，其中長江投入約2.5億元。數據顯示，長江中游湖北、湖南、江西三省的魚類養殖產量每年都是增加的，但是捕撈產量並不樂觀。
湖北2010年放流5.7億尾魚苗，應該反映在2011年的產量上。但是，2010年淡水養殖產量是326.72萬噸、捕撈產量是26.36萬噸，2011年淡水養殖產量335.62萬噸、捕撈產量是20.59萬噸，捕撈產量減少了5.77萬噸。
具有代表性的還有被譽為長江“三鮮”的鰣魚、刀魚、暗紋東方，它們已經極度瀕危。
上世紀60年代，鰣魚產量穩定，每年產量在300噸和600噸之間，70年代波動很大，有些年份產量不足100噸，有些年份超過1600多噸，進入80年代，年平均產量只有79噸，到了1986年僅產12噸，80年代末期已經不能形成魚汛。
鰣魚每年春末夏初從海洋主要上溯到鄱陽湖水系的贛江產卵，幼魚在鄱陽湖生長半年後就要游回海洋，漁民就在湖口一帶撒網打撈幼魚，打撈上來曬幹做成飼料喂養家禽，就這樣，致使長江流域的鰣魚絕跡。
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