釣魚島位於中國東海大陸架的東部邊緣，在地質結構上是附屬於台灣島的大陸性群島，距溫州港約192海裡，距台灣基隆港約100海裡，中國浙江、福建和台灣的漁民經常到那裡捕魚。釣魚島及周邊海域不僅漁業資源豐富，還蘊含大量石油，戰略意義重大。
目前，霸占釣魚島海域的日本巡邏船均來自日本海上保安廳的第11管區，其本部設在沖繩島。在第11管區中，與大陸和台灣船只打交道最多的莫過於石垣保安部，“與那國島”號巡邏船就隸屬於這個部門。平時，石垣保安部的1—2艘巡邏船，每天都要在釣魚島周邊海域進行數次巡邏。
日本海上保安廳還把釣魚島周圍劃分為3個巡邏區域：距釣魚島12海裡的範圍內為“絕對禁止區”，12—24海裡為“嚴格監控區”，24海裡以外為“警戒監視區”。這個“警備體制”的核心目的是阻止大陸及台灣民間船只接近釣魚島。對進入“絕對禁止區”的中國漁船和保釣船只，日方採用撞擊、高壓水槍噴射等方式進行暴力驅離。而對於在釣魚島周邊海域航行的中國軍艦及公務船只，日本海上保安廳通常只敢採取尾隨監視等方式，像做賊一樣“偷偷盤算”。
2008年12月8日，中國海監總隊“海監46”號、“海監51”號船曾進入釣魚島周邊12海裡範圍內實施巡航。此後，日本海上保安廳對釣魚島“警備體制”進行了“深刻檢討”，認為必須進一步提升對中方公務船只的警惕。不久，石垣保安部將釣魚島附近海域的巡邏船數量增加到3艘，2009年2月更是開始使用宗穀級大型巡邏船。這種巡邏船的最大特點是海上續航時間長，不像普通巡邏船那樣需要經常靠岸補給；船上裝備有數門速射炮，火力超過中國大陸和台灣地區所有類似的海上執法船；船上還搭載有一架直升機和兩艘巡邏快艇，形成海空立體監視網。日本海上自衛隊前副幕僚長伊藤明夫中將認為，在敏感的釣魚島海域使用大型武裝巡邏船“非常必要”，可有效維護“日本主權”。
台灣保釣人士則指出，過去，大陸、香港和台灣船只所有成功接近釣魚島的行動，幾乎都是利用了釣魚島與附近其他小島之間的狹窄通道。因為以往日本海上保安廳的巡邏船體型笨重，無法進入；而宗穀級巡邏船如同一部配套齊全的“變形金剛”，其配備的直升機和巡邏快艇想去哪裡就能去哪裡。
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