國土安全交給自衛隊後，海上保安廳的主要任務，變成攔截從朝鮮半島往日本的偷渡和日本往歐美的偷渡以及緝捕走私販毒等。後來時代變遷，海上保安廳又逐漸承擔了災難救援、漁業保護、污染防治等任務。
當前，海上保安廳轄區按照11個管區劃分，各管區設置海上保安本部，下設地方海上保安部作為基層機構。海上保安廳還有總務部、裝備技術部、警備救難部、海洋情報部、燈標部等5個職能部門以及海上保安大學和海上保安學校等培訓部門，總共有1萬多人，是一個融技術、裝備、教育、人力和行動於一體的完整獨立准軍事系統。
實力分析
僅次於美國海岸警備隊
日本海上保安廳雖然號稱“治安機構”，它的實力可不含糊，這是世界實力第二的一支准軍事海上部隊，僅次於美國海岸警備隊，甚至比不少國家的正規海軍都要強大。
各國負責沿海治安的“巡邏船”通常都是噸位小、速度快。然而日本卻別出心裁地搞了一堆“大型巡視船”。當前日本千噸以上的巡視船就有50多艘，不但塊頭大，而且裝備精良，有先進的雷達設備和火控系統，很多都能搭載直升機。
海上保安廳最早的直升機巡視船是“宗穀”級，排水量3000多噸，航速21節，續航力5700海裡，又能破1米厚的冰。該艦裝備1門40毫米艦炮和1門20毫米艦炮，搭載一架貝爾212輕型直升機，還有1艘高速警備艇和1艘全天候救生艇，能打能飛，足以在多種海域條件下完成任務。該艦於1978年下水，突破性提升日本海上保安廳實力，至今仍在服役。此後，又在“宗穀”級基礎上改建了“津輕”級，20多年共建造9艘，取消了破冰功能，提高航速和續航力。尤其後期建造的幾艘，設計和裝備都有很大改進，戰鬥力進一步提高。在釣魚島衝突中經常大打出手的“琉球號”，就是這樣一艘改進的“津輕”級巡視艦。
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