在防護性能方面，99式坦克的車體裝甲與T-72坦克類似，采用的是厚度為220毫米、傾角為68度的複合裝甲。在對抗尾翼穩定脫殼穿甲彈時，其防護性能相當於480毫米厚的均質鋼裝甲；在對抗破甲彈時，其防護性能相當於550毫米厚均質鋼裝甲的水准。目前，99式主戰坦克加裝了反應裝甲，進一步強化了其防護性能。
在99式主戰坦克的設計中，與俄羅斯風格區別最明顯的地方是炮塔，俄制T一72坦克采用鑄造炮塔，鋼水在倒入模具凝固時無法進行強化處理，結構也不易均勻，而且配套的複合裝甲材料槽尺寸在鑄造時便已固定，因此升級幅度有限，還需要特殊的大型模具來制作，工藝複雜。西方式複合裝甲采用平板鋼板，結構可以壓密加勻，很容易進行強化與硬化處理。99式坦克的複合裝甲掛裝在炮塔上，容易拆除更換，不管是形狀或厚度都容易變更，其防護性能和可升級性都優於T一72坦克的設計。
事實上，炮塔裝甲是區別99式坦克與99改坦克最明顯的地方。中國的複合裝甲外形類似美國的M1和英國的“挑戰者”坦克，屬於未加壓的複合裝甲，但炮塔正面較小較矮。從照片分析焊縫位置可以大致推測坦克裝甲的厚度，96式坦克的正面厚度與M1A1坦克相當，99式則更厚一些，在未掛裝貧鈾裝甲時，99式主戰坦克的裝甲防護性能應該超過M1A1主戰坦克。
99改坦克采用的裝甲，外形類似德國“豹”2A5、“豹”2A6的楔型裝甲。德國的楔型裝甲只是一個附加在原有加壓式複合裝甲外面的大型空間裝甲，以改善加壓式複合裝甲對抗成型裝藥彈藥能力較差的缺點，但對抗動能穿甲彈的增強效果并不顯著。從99改坦克的照片可看出楔型裝甲附加上去的痕跡，推測99式的楔型裝甲類似德國產品，對於尾翼穩定脫殼穿甲彈的防禦主要依賴爆炸反應裝甲。 |
