新的複雜因素不斷出現。比如，一些鄰國政局動蕩，可能對我國邊境和海上安全帶來衝擊。同時，國際恐怖主義和跨國犯罪、疾病疫情等非傳統安全威脅日益突出，使得維護邊境沿海地區安全和穩定的任務更加繁重。
戰略研究專家為此強調，邊海防問題是國家安危之所系，只有解決好這一問題，社會才能繁榮發展，人民才能安居樂業。
研究者同時指出，雖然我國邊海防建設多年來取得長足進步，但面對新的形勢和任務，其管控能力還不完全適應。
目前，我國已構建了以軍隊和公安邊防部隊為骨幹，涉邊涉海部門協同配合，沿邊沿海民兵預備役和人民群眾廣泛參與的邊海防防衛管控力量體系，防衛力量結構布局更趨合理。但是，防衛管理力量不夠集中、合力不夠強的問題比較明顯。
此前，有媒體報道稱，個別地方邊防委對軍警民聯防缺少必要的行政約束力，聯防工作存在多頭管理、職責交叉、指揮不順、互相扯皮等問題。
2010年全國兩會期間，全國人大代表、山東省軍區司令員談文虎曾向媒體指出，現在邊海防多頭管轄，一旦有情況容易形成行動多頭，因此，加強邊海防建設“首先是要解決統一領導的機制問題”。
邊海防的交通、通信等基礎設施也仍顯薄弱。儘管近年來邊海防部隊武器不斷更新，配備了先進的執勤車輛、船艇和偵觀、通信、導航定位等裝備，部分海警、海監隊伍還裝備了大型執法船艇和飛機，但總體而言，建設投入仍有缺口，邊海防戰備執勤和維權執法專用裝備仍然缺乏。
一個典型的例子是，曾在釣魚島海域對峙的中日艦船，中方向來都是小型漁政船，最先進的“漁政310”總噸位為2580噸，而日方的海上保安廳巡邏艦動輒3000噸甚至5000噸。
此外，研究者指出，我國邊海防建設還存在著綜合性法規制度建設相對滯後，理論研究不夠深入系統；邊海防隊伍專業化程度不高，人員能力素質有待提高等問題。這些問題不同程度地影響和制約了邊海防建設發展。
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