1998年
1998年3月10日，九屆全國人大一次會議審議通過了關於國務院機構改革方案的決定。改革的目標是：建立辦事高效、運轉協調、行為規範的政府行政管理體系，完善 國家公務員制度，建設高素質的專業化行政管理隊伍，逐步建立適應社會主義市場經濟體制的有中國特色的政府行政管理體制。
根據改革方案，國務院不再保留的有15個部、委。新組建的有4個部、委。更名的有3個部、委。改革後除國務院辦公廳外，國務院組成部門由原有的40個減少到29個。
從1998年開始，國務院機構改革首先進行，隨後中共中央各部門和其它國家機關及群眾團體的機構改革陸續展開；1999年以後，省級政府和黨委的機構改革 分別展開；2000年，市縣鄉機構改革全面啟動。截至2002年6月，經過四年半的機構改革，全國各級黨政群機關共精簡行政編制115萬人。
2003年
2003年3月10日，十屆全國人大一次會議第三次全體會議以絕對多數通過了關於國務院機構改革方案的決定。方案特別提出了“決策、執行、監督”三權相協調的要 求。除國務院辦公廳外，國務院29個組成部門經過改革調整為28個，不再保留國家經貿委和外經貿部，其職能併入新組建的商務部。
根據方案，國家發展計劃委員會改組為國家發展和改革委員會，其任務是研究擬訂經濟和社會發展政策，進行總量平衡，指導總體經濟體制改革。
國家藥品監督管理局重組為國家食品藥品監督管理局，原屬於國家經貿委管理的國家安全生產監督管理局改為國務院直屬機構。同時，將國家計劃生育委員會更名為 國家人口和計劃生育委員會。設立國務院國有資產監督管理委員會（簡稱“國資委”），以指導推進國有企業改革和重組；設立中國銀行業監督管理委員會（簡稱 “銀監會”），以加強金融監管，確保金融機構安全、穩健、高效運行。 |
