到頭來，邱義仁也確實肯定民進黨是因為陳水扁才能執政，於是開始漸漸同情、理解陳水扁，到最後是他被陳水扁說服。例如推防禦性公投，邱義仁本身確實在陳水扁宣布後才知情，可也為他辯護、打圓場，後來真因此影響二○○四年“總統”大選，反過來搞得邱義仁五體投地、還直呼扁是“天縱英明！”
“佐國者”變成服膺者，於是他只言聽計從，加上本身有些內向、又把“機密當神秘”，以及有意提拔的顏萬進栽了跟斗，導致更難對旁人信任，致使決策圈愈縮愈小，惡性循環下，陳水扁也只能徒呼負負，“八年來白忙一場。”
一九八七年，包括邱義仁在內的所謂民進黨“新世代”成立黨外編聯會，那時他與律師世代的謝長廷等人合作，開啟批判康寧祥以溫和路線處理與國民黨問題、亦及“雞兔同籠”的批康運動。康寧祥一輩後來落選，美麗島世代坐牢中，律師世代代之而起。接著，美麗島世代出獄，接任民進黨主席的許信良、施明德等人都曾以邱義仁為黨祕書長；而後，以邱義仁為首的新潮流系，也與陳水扁合作打下台北市長，並進取二○○○政權；執政八年，他歷任“總統府”秘書長、“國安會”秘書長、“行政院”秘書長，創“中華民國”有史以來記錄，並被稱為“萬年秘書長”。
二十年前邱義仁被視為是民進黨“新世代”，二十年後，這位當年的“新世代”卻被現今的新世代看出連連失準，早在“立委”選前（一月十二日），新世代就有準備於民進黨敗選（五月黨機器改選）後，如邱義仁當年引領新世代批康，將與其輔佐起的一干天王，一併“取而代之”的打算。
從街頭到廟堂；自美麗島綿延至律師世代，邱義仁決策縱橫民進黨二十年。如今在二○○八“總統”大選中，卻已由顛峰轉向衰敗，大輸國民黨兩百二十多萬票，如今“喇叭”失聲（邱義仁綽號），似乎意味著，正吹奏出民進黨內諸大天王跌落政壇的告別式。
前輩猶想再戰成最大難題
民進黨今日“世代交替”的呼聲四起，其實早在選前就有人殷殷計算，只不過，敗選後的現實，還是比想像中難以面對。
一位青壯派言談裡充滿失敗主義，“老共會幫馬英九解決很多問題吧”、“蘇貞昌氣魄不夠”、“謝長廷一干人等，受傷的野獸回頭會咬得更兇”‧‧‧；對敵人、自己人都疑懼，也都還打著自身的算盤，另一青壯派表示，“林佳龍有選台中市長的準備、蘇貞昌思考怎麼與新系合作、游錫堃還在做台獨大老的美夢‧‧‧。”所有人，千慮萬謀，但“敵不動、我不動”，因為每個人都對十一寇的夢靨記憶猶新，唯恐因此必須擔負民進黨因此崩盤的指責。
而且，老的並不想退，黨內一位歷經“總統”大選的操盤手說，“你不覺得謝長廷現在跟連戰很像嗎，當年他逼宮李登輝，謝長廷也傳出逼宮陳水扁；連戰敗選還是連任黨主席，謝長廷也宣佈了留任。”
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