但是，卜睿哲對兩岸關係的前景也抱持擔憂，主要在這麽幾個方面：
一，如果在國際空間和安全問題上大陸不改變原有政策，就會使得兩岸關係再起衝突，這是最爲敏感的問題。他因此建議說：北京如果想贏得台灣領導人和人民的信任，早晚要面對台灣的國際空間及安全問題，並拿出具體行動來。台灣則應小心處理主權問題，在不損及長期利益的情形下，暫時擱置不予理會。
二，如果大陸操之過急，急於進入推動統一階段，兩岸關係會出問題。他分析說，馬英九已經說過在他任內不會有統一問題﹐這是很重要的政治意識。解決兩岸爭端的障礙太深太廣﹐不是領導人說一說就可以﹐何況台灣內部也還沒有建立足夠的共識﹐如果北京說統一將在近期或中期實現﹐那麼它就會變成問題。
三，如果台灣不自我強化，屆時將無法保持與大陸互動的主動權。他說，台灣亟需強化經濟、軍事、“外交”、心理層面。這些作為的重要性不言自明，而且能讓台灣抗衡居於優勢的中國大陸，但這些措施唯有靠政治制度才能推動、落實。一旦政治體系失去正常功能，面對越來越強盛的中國大陸，台灣將更居於劣勢，在2020年時，台灣人民原本該有的選擇空間更可能蕩然無存。
卜睿哲的擔憂，反映了美國政府的擔憂。如果說，美國在今後一個階段要影響、甚至要制衡兩岸關係，上述三個方面絕對是著力點：一，在國際空間與安全問題上制衡兩岸。二，在發展速度上制衡兩岸關係。三，在強化駕馭台灣方面制衡兩岸。
即使不是卜睿哲駐台，任何一個人受命駐台，都不可能放棄這些思考。當然，美國的如意算盤能否打響？有待觀察。
在2005年，卜睿哲出版論著《Untying the Knot（解開死結）》，他在書中點出，兩岸間的“結”不是一邊獨自編出來的，而是兩邊不斷糾纏，而且又互相拉扯，使結越打越大，越拉越緊。 他將兩岸的結分為主權的“結”和安全的“結”。他建議，兩岸應該通過談判來找到一個雙方對於“一個中國”的共同理解，從而順利打開糾結。
卜睿哲的思考，對兩岸關係影響很大。馬英九就說，卜睿哲的《解開死結》，在圈內受到很多肯定，對兩岸關係有很多著墨，“最近三年來兩岸關係的發展，也跟他所分析的情況大致上有一定程度的符合”。
卜睿哲這個台灣通、大陸通，也遇到了形勢在變化的新問題。如果今次真的可以派駐台北，我們希望卜睿哲一定要做到，先換腦筋，先觀察形勢，再做新的思辯，提出新的思維。我們衷心期盼，卜睿哲能為兩岸關係的和平發展，徹底地打開所有“死結”，提供更具有參考意義的意見。 |
