雙管齊下加強軍事制度建設
馬英九還加強軍事制度建設，其手法是雙管齊下：一方面推動實行全面募兵制。馬英九多次表示，推行全面募兵制是他最獨特的“國防”政策。馬英九2008年6月16日在台陸軍官校校慶的典禮中指出，將在4到6年推動精實項目，發展小而美、小而強的全募兵制。
陳肇敏同年5月首度赴“立法院”備詢時稱，台軍將在4至6年內全改為募兵，員額必須從現有27萬人先降到25萬人以下，最終目標降至20萬人。他在 2008年7月又說，台軍規劃從2010年推動全募兵制，至2013年達成全募兵制，建立總員額在20萬人以下具有“小而美”、“小而強”特征的新台軍。
台《聯合報》指出，台募兵制不僅是兵役制度的變革，也是“國防”理念的調整，甚至更是整個“生存戰略”的改弦易轍。募兵制釋放的訊息是：“生存戰略”的最高指導原則是“不讓戰爭發生”。
募兵制實施，其實也是一種破釜沉舟的政策宣示：兩岸不能玉石俱焚，必須和平雙贏。
另一方面重塑台軍精神戰力。陳水扁主政時期，台軍風氣日下，“馬屁文化”盛行。同時，台軍信仰喪失，不知為誰而戰、為何而戰。
馬英九上台後立即重塑台軍精神戰力，以務實的態度來尊重台軍傳統：因為“黨旗飛舞”字語，傳唱80年的陸軍軍校校歌，在陳水扁任內決定停唱，馬英九上任後立即恢復。
台陸軍官校校慶典禮結束後，馬英九帶領師生高喊“發揚黃埔精神”口號，同時高唱黃埔校歌；在陳水扁任內遭撤除的慈湖兩蔣陵寢台軍儀仗隊，在2008 年6月16日重新進駐；過去停止朗讀的軍人讀訓，已於去年7月10日起正式在台軍慶典儀式及月會上恢復朗讀；台軍原來推行數十年的每晚軍營齊唱“我愛中華 ”歌曲的晚點名制度，在被廢止3年多之後，已於2008年9月3日再度恢復。
向奧巴馬拋媚眼旨在軍購
馬英九提出區別於陳水扁的“凱子軍購”的“合理軍購”理念，其軍購政策最明顯特征是重“實”避“虛”，強調務實性與靈活性。
值得注意的是，台“國防部”在2008年8月送交台“立法院”的“2009年度預算書”中，首度以“準同盟軍事關係”定位台美關係。這是台美“斷交”且繼“台美共同防禦條約”廢止之後，台“國防部”首次公開以“同盟”的字眼形容台美軍事關係現況。
在馬英九授意下，陳肇敏同年9月親自前往美國出席第七屆“美台國防工業會議”，打破了以往台方均為副手出席的慣例。有輿論認為，這反映出馬當局急欲通過軍購，與美方重建互信的心態。
另外，台“國防部軍政副部長”張良任率領台軍代表團，在奧巴馬勝選後，即前往美國拜會奧巴馬國防幕僚團隊，希望美新總統上任後，能夠盡快批准售台F-16C/D及8艘潛艇。 |
