1994年，《聯合國海洋法公約》有關專屬經濟區的法規頒布實施，菲政府以黃岩島位於其200海里專屬經濟區為理由，宣稱對該島擁有海洋管轄權，隨後改稱擁有主權。
1997年，菲律賓多次出動軍艦、軍機在黃岩島及附近海域對中國民間組織的無線電探險活動進行跟蹤、監視和干擾。
1997年4月30日，菲兩位眾議員搭乘海軍艦艇登上黃岩島，並在島上竪旗立碑，對中國漁民進行攔堵和恫嚇。
1998年1月起，中國海南省四艘漁船在兩個月內，相繼在黃岩島海域被菲海軍攔截，51位漁民遭“非法入境”指控，被菲拘押近半年。
1999年5月23日，中國一艘漁船在黃岩島遭菲軍艦追擊並被撞沉，致11名漁民落水。據報道，菲海軍曾使用機槍掃射。中國外交部就此向菲提出嚴正抗議和交涉。
1999年6月，菲教育部在新版地圖中，將黃岩島連同整個南沙群島列入其版圖。
1999年8月，菲政府將“南沙群島是菲領土”列為修憲內容。
1999年11月3日，菲海軍一艘艦艇在黃岩島巡邏時故意“擱淺”，中方曾多次交涉，但菲方拒不將艦艇拖走。
2000年，菲海軍在黃岩島海域開槍射殺一名中國漁船船長。
2009年1月28日，菲律賓參議院三讀（即最後一讀）通過了2699號法案，即“制定菲律賓領海基線的法案”，該法案將中國所有的兩處島嶼劃為菲律賓所屬島嶼。
2009年3月10日，菲律賓總統阿羅約不顧中國的反對，正式簽署“領海基線法”，將中國的南沙部分島礁和黃岩島劃入菲領土。 |
