一方面，博物館從性質上來講，應是為公眾服務的公益事業，不能以營利為目的，投資利益驅動力非常有限，而關於是否可以接受社會捐助、享受什麼樣的減免稅政策，國家又尚未有具體的規定，導致民營博物館的運營和發展大部分需要靠微薄的門票收入以及創辦者個人的投入；另一方面，博物館運營需要較高的成本費用，少則幾十萬多則幾百萬元。即使在世界範圍內，一個博物館的所有經營收入能夠達到投入費用的30%已經算得上經營有方了，其中門票收入最多只能達到所有投入的5%到10%。民營博物館很難在這一“公”一“私”之間找到自身平衡點，一旦個人財力不濟，生存環境便十分艱難。
“不算在藏品上面的投入，光建設博物館就花了約800萬元，我這些年的積蓄基本上都花在這個博物館上了。除此之外，每年需要約60萬元的資金才能維持博物館的正常運轉。如果兩年後博物館還是賠錢，就只能關門。”北京科舉匾額博物館館長姚遠利告訴筆者，許多民營博物館都面臨著類似的尷尬狀況。
由於經濟上面臨巨大壓力，民營博物館的整體運行狀況也令人擔憂。在北京30多家公立博物館免費開放的背景下，勢單力薄、多為倉庫性質的民營博物館，由於館舍條件較差、文物保護欠佳、陳列文物鮮有更新等原因，很難對公眾產生吸引力。
缺乏宣傳、缺乏組織參觀也是民營博物館發展不力的重要原因。據國家博物館工作人員介紹，經常有市民詢問私人博物館的地址、聯繫方式。普通參觀者若要尋找自己感興趣的私人博物館，需要輾轉多次才能如願。
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