1939年初，雲大成立了社會學研究室，由費孝通主持。為躲避日本飛機轟炸，1940年初研究室搬到離昆明約20公里的呈貢魁閣。費孝通描繪道:“這座破敗的三層古廟外面風景很美，內部卻陳舊不堪。地板踩上去嘎吱作響，墻縫裡藏著小蟲，叮得人渾身發癢。”然而，費孝通和他的同事們就在這個簡陋的地方開展學術研究。他們經常舉行所謂的“席明納”(Seminar，即學術研討)。費孝通後來回憶道:“有6個研究人員和我家同住一個地方，這就給我們以充分討論的機會。我們作實地調查分散數日後，重聚在一起舉行我們所說的研究會，這是馬林諾斯基的傳統；這種討論有時在熱烈而愉快的氣氛中進行半天。”有時他們也會為某個問題展開激烈的爭論，然而正是在這種自由而深入的學術討論中，大家對問題有了更深刻的認識。
1942年底，美國國務院邀請中國十所大學的十位教授訪美，其中也包括雲南大學。由於費孝通英文好、專業強，又有英國留學的經歷，熊慶來校長就派他代表雲大訪美。從1943年6月到1944年6月，費孝通在美國訪問了一年。在美期間，他把雲大社會學研究室的調查報告整理後譯為英文在美出版，主要成果有二:一是包括了《祿村農田》、《易村手工業》、《玉村農業和商業》三份調查報告的《雲南三村》(英文名Earthbound China)，二是收入了《昆廠勞工》等調查報告的《中國進入機械時代》(ChinaEnters the Machine Age)。費孝通將其稱為“魁閣的成果”。1947年出版的《不列顛百科全書》中，雲南大學被列為中國15所著名大學之一，有費孝通等這樣一批國際知名教授，是一個很重要的原因。
據不完全統計，費孝通1938－1946年在雲大工作期間，個人共出版中文著作2部，中文譯著2部，英文著作2部，學術論文34篇。另外，還有一些文章當時沒有發表，後來被編入了著名的《鄉土中國》一書中。在那種艱苦、動蕩的歲月裡，能取得如此多的學術成果是很不容易的。除了學術研究，費孝通還和同事們一起培養了一批優秀的社會學人才。從1940年到1945年，他先後為雲大社會學系的學生開設了“經濟社會學”、“家族制度”、“社會學”、“社會制度”、“社區研究”“近代社會理論與方法”、“雲南農村經濟”等多門課程。
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