上合組織成員國面臨著很多挑戰。來自哈薩克斯坦等中亞國家的學者認為，上合組織所面臨的首要任務，就是如何防止在中亞地區出現新的伊斯蘭激進主義思潮以及積極活動的伊斯蘭力量。一些俄羅斯學者提出，上合組織必須更加積極地參與阿富汗問題的解決。
中東北非局勢的持續動蕩，讓關注上合組織的各國學者也對信息領域安全對該組織構成的新挑戰十分關注。吉總統戰略分析與預測研究所專家伊科保江最近在總結上合組織10年來遇到的威脅和挑戰時特別提到，在吉南部奧什所發生的大規模種族騷亂事件中，互聯網和手機短信通信成了外部力量煽動騷亂的有效工具。此外，俄科學院遠東所上合組織戰略問題研究中心副主任克列緬科在接受《環球時報》記者採訪時說，上合組織有著巨大潛力，但也存在機制化建設滯後、資金保障缺乏以及合作針對性不強等問題。
很多學者在談到上合組織應堅持安全與經濟合作兩個“輪子”共同發展的同時，也提到各成員國間的人文合作。人文合作就好比連接兩個輪子的“軸”。北京大學國際關係學院副院長關貴海說，安全與經濟好比樹的幹和花，人文合作則是種子，種子在泥土中埋得越深，根扎得越牢，樹才會越茁壯。因此，不能要求人文合作立竿見影，但只要有信心，“上合組織未來的發展要靠下一代年輕人之間的認同和理解”。
美國也想成“東方版北約”對話夥伴
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