馬英九在選舉前舉行國際記者會上，強調第一任主要任務在撥亂反正。自報公議嘛，馬英九自報可以，大家還要公議。致力於研究兩岸統合論的張亞中教授說，馬英九在陳水扁所留下的歷史教科書課綱事上，僅有若干“撥亂”的行為，而沒有達到“反正”的目的。現有歷史課綱是1949年以前的歷史放在中國史，1949年以後的現況放在台灣史。這也就是說，從歷史教科書的陳述方式來看，“中華民國”已經等於台灣了。新的課綱仍然稱清朝統治下的台灣為“清領”時期，意指“清朝占領時期”，卻稱日本統治台灣為“日治時期”，意指“日本治理台灣時期”，而非站在中華民族觀點的“日據時期”。
第二是雖然馬英九的連任成功了，但馬英九國民黨總體政治實力卻下降了，民進黨制衡力加強，況且，馬英九在競選中對“兩岸和平協議”的問題還加上了三個前提，即“國家需要”、“民意支持”、“國會監督”，甚至更提出“全民公投”。在這麼多限制條下，“兩岸和平協議”在未來四年內簽署的可能性微乎其微。
第三是“兩岸和平協議”簽署所涉及的政治層面很廣，這包括“如何簽署，應該由誰跟誰簽，彼此該如何稱呼，以及相互要得到的保證”等等，這些議題都需要兩岸在不斷累積互信中尋找共識，也需要在台灣找到大多數共識，就目前的實際情況去看，這還需要一個過程。
第四是美國破壞因素的影響。宋楚瑜的參選，以及政治評論家南方朔遣用尖銳語彙猛烈地抨擊馬英九，這與美國因素分不開。張亞中說：“如果我們回顧歷史檢驗美國的對台政策，美國從來就沒有同意過‘中華民國’的主權在1949年以後還包括大陸，也沒有支持過‘中華民國’追求統一，但是也從來沒有公開支持過‘台獨’。美國的態度一直很清楚，就是他以‘獨台’為其對台政策的基礎。”美國在這次選舉進入倒數時間才改變初衷，支持馬英九連任，這是受亞洲形勢變化所支配的，尤其朝鮮半島因金正日病逝而變得不穩定。
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