客觀來講，雖然過去四年間兩岸經濟合作及各領域交流大步向前，但兩岸政治互信卻遠沒有達到真正彼此信賴的牢固程度。因此，一遇到國際大環境和兩岸間種種不利因素的風吹草動，兩岸政治互信基礎就體現出脆弱的一面，兩岸關係就不可能不受到消極影響。
台灣問題從本質上講是政治問題。自1949年海峽兩岸分治，兩岸執政當局互不承認主權，而兩岸人民也由此展開了幾十年的隔離封閉階段。兩岸政治分治、軍事敵對、交流中斷、關係緊張，兩岸人民更是產生了巨大的心理隔閡。
特別是台灣受美國、日本的影響頗深。1895至1945年日本殖民統治台灣五十年，而自1949年起，台灣開始接受美國等西方文明的深刻影響。而大陸則實行社會主義政治體制，兩岸民意有著巨大的反差。由此，兩岸不僅在政治制度上截然不同，社會體制相異，更為重要的是兩岸人民的生活方式、價值觀念均天壤之別。
雖然在上世紀八十年代末期，台灣當局陸續開放國民黨老兵反陸探親，兩岸交流由完全封閉開始現出交流的曙光。然而自1996年台灣地區領導人實行“民選”，李登輝當政推行“兩國論”，以至後來民進黨陳水扁主政台灣八年推行“一邊一國”、“去中國化”等“台獨”政策，令兩岸關係仍處於對峙和緊張狀態。
至為重要的是，台灣當局一系列“台獨”政策令廣大台灣民眾特別是台灣青少年一代深受其害，不僅國家認同、歷史認同、民族認同被視為政治禁區，更令廣大台灣民眾在思想上、理念上與大陸民眾產生了更深的隔膜。由政治制度、社會體制、思維觀念上帶來的民意差距是造成兩岸政治分歧的最大根源。
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