從另一個角度看，“兩岸同屬一國”的爭議也從一個側面折射出當前兩岸政治互信基礎雖然處於不斷鞏固階段，但仍然比較薄弱，兩岸在交流交往中相互的猜忌還比較深，兩岸間的認同還有很大的差距來拉近，真正建立政治互信依然任重而道遠。目前台灣的現狀是，自李登輝時代、陳水扁時代，“兩國論”和“一邊一國”的“台獨”主張令台灣的主流思想去中國化十分嚴重，直至今天，“台獨”意識不但沒有徹底消除，相反卻有增無減，民粹政治、極端主義、分離主張仍然盛行，這導致島內有相當一部分民眾不僅不承認兩岸同屬一個中國，甚至連兩岸人民同屬一個中華民族都予以否認，都不願意面對事實。這樣的狀態對兩岸關係和平發展是有百害而無一利的。
不論台灣的執政黨也好，還是在野黨也罷，如果依然堅持“台獨”意識，分離主張，那麼必然會在文化教育領域對台灣民眾產生誤導和消極影響，這對台灣民眾認同兩岸同屬一個中國，認同兩岸人民同屬於中華民族都將產生不利的影響。如果任其發展下去，“台獨”意識得不到有效的遏制，兩岸關係和平發展大局必將深受其害。儘管目前還沒有發生這樣的局面，但台灣卻出現分離主義的跡象，值得兩岸雙方共同警惕。
那麼下一階段兩岸在政治互信方面，最重要的就是要在一個中國原則下，繼續鞏固兩岸同屬一中的政治共識，重點應放在“求同存異”的“求同”上。兩岸“異”的部分自不必說，六十多年來兩岸分治，兩岸關係走過的風風雨雨其原因就在於兩岸在政治上“存異”，也就是對“一中”內涵存在較大分歧。而在兩岸關係和平發展的今天，兩岸應本著互利雙贏的原則，站在兩岸中華民族共同利益上，在“求同”上花大力氣，下大功夫，以奠定兩岸牢固的政治互信基礎。
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