針對以上兩岸交流合作中出現的問題，兩岸有識之士都表示了關切之情，都希望兩岸兩會能夠盡早互設辦事機構。兩會互設辦事處的直接好處在於，遇有兩岸突發事件及糾紛時，若有公權力授權的雙方駐兩岸機構直接協助處理，能夠在第一時間內掌握更準確更及時的資訊，在事件處理上更能客觀、公正、妥善因應，從而能夠更好地保障兩岸人民的切身利益，特別是在當前交流合作事項增多，引發的突發事件不斷增多的背景下，更顯得迫切和重要。海協、海基兩會雖然是雙方官方授權的民間性質機構，但經過多年運作，已經成功處理了很多涉及兩岸民眾福祉的事務，不論是實際操作上還是在經驗上都積累了相當多的共識與默契，目前兩會互設辦事機構條件具備，時機成熟。
兩岸互設辦事機構的更深層意義在於，可以有效地擋住一股意圖把兩岸拉開、拉遠的國際逆流。今年以來，台灣當局之所以在兩岸政治對話方面遲疑不決，就是出於美國在亞太再平衡戰略下“以台制華”的巨大壓力。而在台灣島內，“台獨”勢力、分離主義勢力仍在掣肘兩岸和平發展大局。兩岸互設辦事機構可以通過在制度層面上建立常設機構，不但可以方便兩岸各領域合作交流，而且在更深層次上有效拉近兩岸人民的心理距離，增進兩岸同胞間的情感交流，在兩岸民眾間形成向心力，增強民族認同感和歷史認同感，對美國等西方反華勢力妄圖阻止兩岸融合共榮乃至中華民族復興崛起的圖謀能夠起到有力的遏製作用。
正是因為兩岸互設辦事機構有其必要性和緊迫性，下一步兩岸應當抓住當前兩岸和平發展的難得歷史機遇，共同努力推進辦事機構能夠早日成立並不斷完善。對於此事，大陸方面一直以來都持積極推動的態度，早就希望促成此事。現今台灣方面態度積極，大陸方面自是樂觀其成，全力配合推動。林中森在近日訪陸時透露，對兩岸互設辦事處議題，“對方有善意”，在第八次兩岸兩會時，兩岸已就互設辦事處初步交換過意見，都認為有此必要，並由雙方各自帶回研究評估，對架構、運作機制等大方向研究後，雙方再來整合，整合後再具體化。兩岸均積極應對互設辦事處議題，自然有利於此事的達成。
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