1969年8月從航校畢業後，許其亮成為航空兵師飛行員，此後並歷任航空兵師大隊長、獨立大隊副師長等職。1982年3月至10月間，許其亮在坐落於北京西郊頤和園昆明湖的空軍學院（1986年更名為空軍指揮學院）軍事高級班受訓7個月。短暫培訓結束後，1983年5月，許其亮升任空軍航空兵師長。
1984年8月，許其亮擔任空軍副軍長，1年後轉任空軍上海指揮所參謀長。在國防大學基本系學習兩年（自1986年9月開始）畢業後，1988年7月起的5年間，他歷任空軍某部軍參謀長，軍長等職。期間，1991年6月被授予空軍少將軍餃後，許其亮並在1992年的中共十四大上入選中央候補委員。
1993年1月，許其亮開始擔任解放軍空軍副參謀長。次年9月至11月，許其亮再次進修（在國防大學戰役進修班學習）。進修尚未結束之際，1994年10月，時年44歲的許其亮升任解放軍空軍參謀長、黨委常委，成為當時解放軍最年輕的副大軍區職幹部，並在兩年後（1996年7月）被授予空軍中將軍餃。
晉升中將3年後，1999年2月，許其亮卸去任職近5年的空軍參謀長職務，由空軍總部調任沈陽軍區副司令員兼沈陽軍區空軍司令員。2001年3月，中央軍委和總部決定從全軍遴選一批正軍職以上幹部入國防大學進行為期半年的學習，許其亮第三次赴國防大學進修受訓（至2001年7月）。
擔任沈陽軍區副司令員兼沈陽軍區空軍司令員快5年半之後，2004年7月，十六大上當選為中央委員的許其亮被任命為解放軍副總參謀長，時年54歲的他也因而繼續保持著“最年輕”記錄，成為當時全軍最年輕的正大軍區職將領。與許其亮一起升任副總長的還有時任海軍南海艦隊司令員的吳勝利。
2007年9月，許其亮接替喬清晨空軍上將出任空軍第10任司令員，並在一個月後的十七大上躋身中央軍委。內地現役軍官法規定，正大軍區職將領最高服役年齡是65歲，不過未規定軍委委員退休年限。喬清晨（1939年生）卸職時68歲，比其繼任者馬曉天還小一歲的許其亮（62歲）的仕途也引人關注。
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