2000年8月，王立軍正式擔任鐵嶺市公安局局長、黨組書記，兼武警鐵嶺支隊第一書記、政委。
經過兩起官司後，王立軍在媒體上“低調”了許多。此後的王立軍，多出現在《鐵嶺日報》報道的一系列警務改革和打黑成果中。
還在擔任鐵嶺市公安局副局長期間，王立軍就要求刑警、治安巡警支隊領導輪流值班，副大隊長以上幹部每天必須提前15分鐘上班，並為每名幹警建立政績檔案。2000年初，王治下的治安巡警支隊還採用攝像跟蹤、明察暗訪的方式對民警進行監督。
在王立軍的警務改革中，一直得到傳承和發揚的，是交巡警察的建立，亦即“交巡合一”。這雖並非王立軍首創，但後來成為他的職業標誌之一。2001年8月11日上午，鐵嶺交巡警舉行出警儀式。鐵嶺設置了18個相對固定的勤務區、304個巡邏區，24小時晝夜值班。但就在王立軍調離一年左右，鐵嶺再次恢復交警、巡警警種，宣告鐵嶺交巡警警種消失。
在鐵嶺時期，王立軍治警手段日臻成熟。“9.19”打黑中，有20名幹警受到處理，其中13人被追究刑責，5人被開除。
2000年9月，王立軍乘“三項教育”的東風，要求全市民警查擺剖析。這種“自我批評”式的“查擺剖析”的結果是：一個月後，鐵嶺市公安局就處理了33名民警，其中10人被辭退；到了2000年底，昌圖縣312名民警集體申請離崗培訓，還有人被送到鐵法煤礦下礦井體驗生活；鐵嶺有23個基層派出所、隊被掛牌整治。
自1994年王立軍調任鐵嶺市局以來，不少鐵嶺警官在其治下被停職、開除，東北俗稱“扒皮”。但不少警官的處理決定在王立軍調離鐵嶺後，分別通過市局文件、法院判決等方式，逐一恢復工作或平反。據《南都周刊》記者掌握的資料，僅2005年的一份市長信訪紀要文件就為七名警官平反。
王立軍在鐵嶺市局時還分管213研究所，該所建立於上世紀80年代初，由原鐵嶺市局法醫專家才東升和蘭玉文創建，致力於法醫建設，曾獲多項榮譽，尤其是顱面複原技術。
王立軍對法醫的興趣即發端於此，並最終在錦州和重慶戴上了法醫教授的帽子。
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