歷經三個多月衝突，台灣終於在2012年7月比照歐盟標準，通過食品衛生法修法，開放瘦肉精美牛進口。美國隨即在同年10月31日宣布給予台灣赴美國免簽證待遇，並承諾重新啟動台美“貿易暨投資架構協定”（Trade and Investment Framework Agreement, TIFA）談判。
台美恢復TIFA談判，事實上只是台灣全方位對外開放、以及台美重建緊密經貿關係的起點，畢竟台灣的最大競爭對手韓國，早已陸續和歐洲、美國、東協簽署FTA，對台灣所造成的競爭壓力。從TIFA開始，台灣也試圖參加美國主導的“多元服務業協定”（Plurilateral Service Agreement, PSA），希望成為美國21個“真正好朋友”（Real Good Friends, RGF）之一。
郭正亮分析，馬政府在新任期內，陸續展開“親美遠中”的戰略布局，不止於台美經貿談判。2013年4月17日，就在4月10日台日漁業協議獲得17年來的最大突破之後，馬政府在澎湖列島進行漢光實彈軍演，是2008年以來最大規模的反登陸軍演，高達7682名軍人參加，也是馬擔任“總統”5年來的首次，馬特別以全身戎裝親自參與。
軍演前一天，馬與美國史丹福大學“民主、發展暨法治中心”學者進行視頻會議，由美國前國務卿賴斯（Condoleezza Rice）主持，與會者還包括保守派學者福山、美國前海軍軍令部長羅福賀（Gary Roughead）等人，馬呼吁美國協助和平解決海事糾紛，特別是東海釣魚島問題。
賴斯當場詢問馬：“美國有人擔心兩岸關係改善，可能改變台美關係本質”、“兩岸越走越近，是否影響台美關係？”馬表示“上任後改善與中國大陸的關係，降低台海緊張情勢，這應該是符合美國利益”。美國前亞太副助卿薛瑞福（Randall Schriver）立即正面呼應，儘管並非直接肯定馬的“東海和平倡議”，但仍肯定這個“多邊方案”是“目前台面上唯一提出完整的計劃”，並表示台日漁業協議“改變了東海區域的動態，美國可向台灣取經”，甚至還表示“希望未來馬英九能在美國土地上發表演說”。
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