經過一天半腦力激盪的研討會，在大陸官方的同意下，雙方達成三項共同結論，證明這個對話平台已經開始運作。第一項共同結論便指出：“兩岸共源同文，兩岸關係和平發展得到兩岸主流民意的支持。台灣各政黨、政團及民間團體的參與，有助於全面反映台灣民意，穩健推進兩岸關係的發展。兩岸政黨均應認識到，擺脫對立衝突、開展平等協商、推進雙方交流，為兩岸人民及國際社會所樂見。”
第二，在香港會議當中，雙方開始建立政策溝通的模式。大陸方面特別派出兩岸服務貿易協定的主談官員—商務部台港澳司長陳星，向綠營方面與會嘉賓說明談判的過程與內涵，同時綠營的“立委”與學者也向大陸方面表達台灣基層民眾的憂慮及國民黨政府的溝通與配套措施不足。雙方對於這樣的政策溝通模式都認為相當正面，透過紅綠藍的平衡交流，能夠讓兩岸協商兼容並蓄，顧及台灣的普遍民意與利益。
所以，雙方在達成的第二項共同結論表述：“兩岸交流應讓廣大人民受益。任何協議應平等協商，互惠互利，符合人民需求，特別需要重視基層民眾的利益與合理關切，以利於維持兩岸關係長期穩定發展。”所謂“重視基層民眾的利益與合理關切”即是指馬政府在談判兩岸服務貿易協議時沒有重視台灣基層民眾（弱勢產業）的利益與合理關切，而民進黨提醒大陸必須關注，兩岸關係才能行穩致遠。
第三，雙方非常坦率面對與溝通兩岸的差異。過去五年的兩岸關係互動基礎是“九二共識、各自表述”。國共雙方既沒有誠實面對兩岸差異，“九二共識、各自表述”也無法作為未來兩岸政治談判的基礎，甚至導致當前的兩岸差異不斷擴大。因此，在雙方達成的第三項共同結論即強調：“迄今兩岸兩會已簽訂19項協議。目前兩岸協商已進入深水區，彼此差異仍未解決。兩岸應面對歷史、正視現實，尊重民意與增進人民福祉，推進政策創新，促進兩岸共同繁榮發展。”
研判大陸願意討論兩岸差異是希望突破兩岸關係發展的三大困境：1、當前兩岸談判只停留在經濟議題，無法擴大到政治議題談判，難以建構長期和平發展的兩岸關係；2、國民黨的兩岸政策只獲得大約半數台灣民意的支持，仍有支持民進黨的45%民意無法認同，難以建構台灣絕大多數民意支持的穩定兩岸關係架構；3、台灣政黨輪替執政便會造成兩岸關係不穩定，如果2016年選舉由民進黨獲勝，可能衝擊到大陸領導人習近平的執政基礎。
第四，謝長廷在演說及論述均強調，台灣應該在“中華民國”與“中華民國憲法”的“憲法各表”基礎上與大陸進行互動，兩岸互不隸屬但有特殊關係，台灣人民對“政治一中”相當焦慮，擔心台灣會被併吞，而且雙方針對大陸民主、人權、自由等議題均進行坦率對話。這是兩岸對話的一大突破，是國共對話所欠缺的元素。隨後，台北市長郝龍斌在7月2日會見國台辦主任張志軍時便追隨謝長廷路線，突破國民黨禁忌，首次在大陸官員面前提起“中華民國”，並且提到“一個中國”不是要消滅“中華民國”。
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