馬政府最重視的是漁權，而不是主權。最重視的是台日關係不要受影響，擔心的是台灣在釣魚島爭端中不要被邊緣化，希望在事件處理中突顯台灣的主權國家地位。
台灣提出東海和平倡議後，日方當然對此持正面肯定態度。之後，馬英九針對釣魚島爭議又進一步表態，他說，日本將釣魚島國有化，必須確保台灣漁民傳統作業區域不受影響，以展現日本的誠意。馬英九還說，要求台灣海巡署，在漁季必須天天出動護漁。因應馬英九的要求，海巡署對外公佈了護漁巡航作業方案，相關官員表示，台灣行政院於2001年公佈的“暫訂執法線”，早就把釣魚島及附近島嶼納入，但台灣與日方海上保安廳船艦，都有一定的默契，台灣艦艇不會刻意駛入釣魚島24海浬內。
於是，在日台雙方立場相當合拍情況下，進行了第十七次日台漁業談判，正式簽署了“日台漁業協定”。該協議雖然明確了“不影響雙方各自釣魚島主權的主張”，暫時模糊了雙方間的釣魚島主權之爭，這只是權宜之計，台方暫時爭取到了釣魚島領海之外海域的捕魚權，但台方以協議形式明確承諾漁權不及釣魚島12海浬之內，等於間接承認了日本對釣魚島主權，放棄了台方具有的釣魚島主權爭端方的權利。為目前複雜的東海釣魚島問題增加了一個新的不確定因素，也給未來中國大陸與日本解決釣魚島問題帶來了困擾，使這一問題的解決更為複雜。
二、南海問題上台當局亦顯弱勢捍衛祖業不積極
在南海局勢方面，同樣不容樂觀，形勢極為嚴竣。中華民族的利益正在受到菲律賓、越南等南海相關國家的蠶食。在南海領土爭端問題上，中國歴史上屬自已領土的大部分島嶼，都被南海諸小國瓜分得七七八八。僅南沙群島，中國大陸包括台灣在內僅佔9個島礁，包括永暑礁、赤瓜礁、東門礁、南薰礁、渚碧礁、華陽礁、美濟礁，中國台灣控制太平島、中洲島。去年以來，中方在持續努力下，將黃岩島控制權奪回手中，又將仁愛礁的控制權逐漸奪回手中。南沙其它的中國領土大部分仍被小國占領，包括：菲律賓佔8個島嶼，越南佔29個島嶼和珊瑚礁，馬來西亞佔3個島嶼，印尼佔2個島嶼，文萊佔1個島嶼。
在南海問題上，台灣至今一直表現出不與大陸合作態度，拒絕大陸共同維護南海主權主張，給菲律賓、越南等國有機可乘，造成中華民族整體力量相當程度的內耗。
今年菲律賓方面在南海射殺台灣漁民，引發兩岸民眾極大憤慨，突顯兩岸共同合作維護兩岸在南海權益的重要性和緊迫性，也增加了兩岸在南海合作的有利背景條件。台灣在南海問題上固然有其重要角色和重大利益，南海問題如果沒有台灣的參與，實際上也是很難解決的。因此，在南海問題上，關鍵是兩岸不能對立，讓外人看笑話。
台灣在提出東海和平倡議後，還在設想提出南海和平倡議構想，立足點都是建基在台灣利益基礎上，並沒有好好考慮整體中華民族利益，反而是給外界造成一些主張過於理想化、空洞化的印象。
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