另一個值得關注的項目是雨污分流，但該項目在南京爭議很大。從2013年年中開始，南京日報頭版開始出現了對雨污分流工程的討論。港媒曾稱其不顧民意，執意進行工程。但今年5月接受新京報採訪時，他對此進行否認。
今年9月，季建業參加南京市委常委會召開的專題民主生活會時稱，他自己有“官本位”思想，沒有站在群眾立場換位思考，重視上面督導、輕視群眾評價的心態和現象。
回顧
2010年1月，季建業就任南京市市長，主持市政府全面工作，兼管財政、審計、機構編制、規劃、監察和人民武裝方面工作。期間，季建業曾因修建地鐵3號線砍伐、遷移梧桐樹引起市民強烈抗議。
據人民網報道，“季建業在揚州期間，全城大規模翻新‘修舊’，當時城建規模工程量很大，但很多工程公司都是他引進的蘇州工程公司。2009年8月26日，季建業來南京市任副市長、代理市長職務，迅速啟動‘三中路改造’，此後，砍伐梧桐樹、拆城西幹道、投巨資上馬雨污分流等大量工程，南京這座古城不斷被‘開膛破肚’，不時激發民怨沸騰。”
【雨污分流】
一手推動183億工程
“斥資183億，從2010年初至2014年底，5年時間在200多平方公里區域內全面施工，5年內敷設500公里污水幹管，完善3000個居民小區及單位近2000公里排污支管。”這就是南京2010年公布的“雨污分流”計劃。也是在這一年1月，季建業正式當選為南京市人民政府市長。上任至今，他被公眾認為是“雨污分流”工程的主要推動者。
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