白皮書發表後，有人認為法官和司法人員列入“治港者”將損害“司法獨立”。眾所周知，司法權是非常重要的公權力，是香港特別行政區政治體制的組成部分。中央通過基本法授權香港行使的高度自治權包括行政管理權、立法權、獨立的司法權和終審權。基本法第四章規定了香港的政治體制，其中第四節具體規定了司法機構。既然“治權”包括司法權，掌握司法權的法官和司法人員怎麼能不屬於“治港者”呢？至於說司法獨立則是指法官在審理具體案件時依照法律的規定，獨立地行使審判權，不受行政、立法等其他機構的干擾，基本法對此提供了明確的法律保障，包括特區法院獨立進行審判，不受任何干涉，司法人員履行職責的行為不受法律追究等。將法官和司法人員列為“治港者”，不僅絲毫不影響香港的司法獨立，而且更能增強法官和司法人員依照基本法履行職責的責任感。
還有一種觀點認為，要法官愛國會影響香港司法獨立。這是不成立的。任何國家和地區的法官都必須對國家效忠，並負有維護國家主權和安全的重要職責，香港特別行政區也不能例外。儘管基本法規定，香港特別行政區的法官和其他司法人員可從其他普通法適用地區聘用，但他們在就職時也必須依法宣誓擁護中華人民共和國香港特別行政區基本法，效忠中華人民共和國香港特別行政區；他們在審理案件時，也有維護國家統一和領土完整，保持香港繁榮穩定的義務。這與司法獨立並不矛盾。
中央政府貫徹“一國兩制”、“港人治港”、高度自治方針的決心和誠意是一貫的。重申以愛國者為主體的“港人治港”，並非是對香港高度自治的干預，而是闡明基本法賦予治港者的權利和義務；並非是為了從制度上排除誰、篩選誰，而是為了讓全體港人心里有杆秤，有個衡量標準。只有這樣選出來的治港者，才能接受中央政府和香港社會的監督，切實對國家、對香港特別行政區以及香港居民負起責任。這是國家的根本利益所在，也是香港特別行政區的根本利益所在。 |
