寫完此書，黃遵憲便想由官方出版此書，先後請重臣李鴻章、張之洞向總理衙門推薦此書。李、張都高度評價此書，向總理衙門推薦，但得不到總理衙門的首肯印行，黃遵憲終於對官方刊印不再抱希望，於是轉而尋求民間出版，將此書稿交廣州羊城富文齋書局。然而富文齋書局也不重視此書，一直未將書稿付印。1894年年末，甲午戰爭已爆發數月，中國軍隊接連大敗，水陸軍皆已潰不成軍，最終敗局已定，才安排出版此書。近一年後，《日本國志》終於艱難問世。就這樣，具有高度前瞻性的《日本國志》“事前”無法出版，只到結局底定、大禍已至才姗姗來遲，不能不令人遺憾萬分。然而這並非偶然，晚清的政治、社會狀況決定了屢屢如此。
第一次鴉片戰爭後，魏源在林則徐支持下編寫的《海國圖志》介紹外國情況，受到“潰夷夏之防”的強烈批判；第二次鴉片戰爭後，重臣郭嵩燾寫《使西紀程》詳細介紹在外國見聞，受到朝廷嚴斥，此書被慈禧下諭毀版。因此，總理衙門根本不敢印行《日本國志》。
值得進一步追究、深思的是，中日兩國分別於1840年和1853年被西方列強以暴力打開國門，被強行拖入“現代化”進程中，中國的現代化進程還早於日本十餘年，然而為何到1894年甲午戰爭爆發時，日本已基本建成現代國家，而中國仍是前現代國家？有關研究汗牛充棟，難以盡道。中日現代化道路的遲速不同因素多多，重要一點，是文化、觀念的作用，即如何面對現代性挑戰。
鴉片戰爭後因為清廷堅持“天朝上國”、“嚴夷夏之防”觀念，是中國的現代國家建構的重要障礙。對外部世界深閉固拒，啟蒙者備受打擊，與明確提出“求知識於世界”的日本明治維新形成鮮明對照。
在政治制度方面，以明治天皇為首的新政府於1868年4月6日發布具有政治綱領性的《五條誓文》宣布：第一，廣興會議，萬機決於公論；第二，上下一心，盛行經綸；第三，官武一途以至庶民，各遂其志，人心不倦；第四，破舊有之陋習，基於天地之公道；第五，求知識於世界，大振皇基。20餘年後，1890年11月29日，日本第一屆眾議院、貴族院開議，正式開設議院。甲午戰爭時，中國的政治制度仍是傳統的皇權專制，不是現代國家政治體制。例如，現代國家政府財政必須公開，而中國仍是秘密財政，朝廷可任意花錢，才可能將海軍軍費挪作修建頤和園之用。
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