“在同級黨委領導下進行工作”的模式，自1978年重建中紀委後沿用下來。1980年時任紀委書記的陳雲就發現其弊端，一些地方黨委要求紀委把當地幹部的違法案件壓而不查、不報。對此陳雲建議，紀委“受同級黨委和上級紀委雙重領導，以同級黨委領導為主”，地方各級紀委人員的任免要徵求上級紀委的建議，建議得到中央批准。可是“以同級黨委領導為主”的模式在一些地方演變成了“查案以同級黨委領導為主”的模式。不少地方紀檢監察部門發現重大案件或查辦重大案件，都必須先向同級黨委報告，在得到黨委同意後才能初核和查辦。如果黨委對發現的案件和查辦的態度不表態，甚至壓而不辦，那麼案件的查處只能擱置。這種情況下，紀檢人員是“站得住的頂不住，頂得住的站不住”。這就暴露出體制內監督最大的缺陷在於缺乏相對獨立性。
十八大以來，出現“查案以上級紀委為主”的變化。中紀委監察部在發布江西副省長姚木根嚴重違紀違法被查處的當天，江西省委機關報發了一篇署名“省人民政府副省長姚木根”的文章。這種“地方不知情”的查案方式的變化，體現紀檢監察機關辦案的相對獨立性在增強。目前，南京市委率先頒布了《關於落實黨風廉政建設黨委主體責任、紀委監督責任的實施辦法(試行)》中規定，黨委主體責任：包括加強組織領導、加強督促檢查、選好管好幹部、抓好作風建設、領導和支持查辦案件、深入推進源頭治理、強化權力制約和監督、嚴格責任制考核、加強黨內監督、支持和配合上級巡視工作等，要求各級黨委必須“領導和支持查辦案件”。紀委監督責任包括：維護黨的紀律、加強對作風建設情況的監督檢查、查處違紀違法案件、發揮黨內監督專門機關作用、加強反腐倡廉制度建設等。對群眾舉報領導幹部輕微違反廉潔自律規定等不構成違法違紀的問題也作出相應的規定，實施“信訪監督雙公開”：紀委在一定範圍內公開舉報內容和信訪監督結果。
充分發揮司法機關治腐作用
我國司法實踐中，普遍存在司法行政化、法官和司法機關依法查辦腐敗案件中如何保證依法獨立辦案的問題。
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