正因為寄人籬下受人制約，俄羅斯建國後的20年內，黑海艦隊沒有增加1艘新型戰鬥艦艇，現役艦艇大都為蘇聯海軍第二代艦艇，嚴重老化過時。
2010年，俄羅斯完成了新的軍事行政區域劃分和戰略指揮體系改革。黑海艦隊、裡海區艦隊、第4空軍和防空兵司令部、北高加索軍區，統歸新成立的南部軍區指揮，組建了海上戰役司令部。這樣，俄南部戰略方向上的軍事指揮體系更加高效。
近年來，隨著黑海和地中海地區的地緣政治形勢趨於緊張，黑海艦隊也日趨活躍，參加了多次俄軍大規模演習和重大軍事行動，雖然有時表現得力不從心。
黑海艦隊多次派遣艦艇，執行在亞丁灣的護航任務。2012年年底，以黑海艦隊艦艇為主，俄海軍組建了地中海戰役集群，實現了在地中海的常態化部署。在2013年敘利亞戰爭的應急反應中，地中海戰役集群扮演了極為重要的角色。
但真正使黑海艦隊獲得新生的，還是克里米亞並入俄羅斯這件事。這使得俄羅斯可以放心地完善克里米亞半島上的軍事基礎設施。
俄羅斯計劃重建蘇聯時期曾經輝煌過的克里米亞造船工業，其中，重點是軍用船舶修理廠。蘇聯時期，塞瓦斯托波爾設立有“黑海艦隊第13船舶修理廠”。目前，俄羅斯對該廠正在進行改造，添置先進生產設備，淘汰老化過時設備，以滿足即將加入黑海艦隊戰鬥序列的現代化艦艇的維修需求。
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