在審議中，有的常委會委員、代表、地方、部門和單位提出，各地各方面情況不同，不加區分一律作出硬性要求，實踐中難以執行。二審稿采納了這一意見，將上述規定修改為“依照規定”開封驗視、進行安全檢查、配備安保人員。
3 認定
法院可直接認定恐怖組織和人員
誰有權認定“恐怖組織”？一審稿規定，由國務院有關部門和省級反恐怖主義工作領導機構提出認定恐怖活動組織和人員的申請。
有的地方、部門、單位和社會公眾提出，除了由行政認定恐怖活動組織和人員外，人民法院也可以通過審判直接認定。有的部門提出，在反恐怖主義國際合作中，對於聯合國以及外國政府提出的恐怖活動組織和人員，也存在根據我國法律和承擔的國際義務通過國內程序予以認定的問題，需要明確這類情況由誰提請認定。
法律委員會經研究，建議增加規定，人民法院在審判刑事案件的過程中，可以依法直接認定恐怖活動組織和人員，並增加規定外交部為向國家反恐怖主義工作領導機構提出認定恐怖活動組織和人員申請的部門。
4 處置
公安未及時到場軍隊武警可指揮
二審稿對關於電信業務經營者、互聯網服務提供者預設技術接口、報備密碼方案的規定進一步作了修改完善，增加電信、互聯網、金融等單位對客戶身份進行查驗的規定。
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