筆者認為，這類智庫目前存在的主要問題是和內腦功能區分度不夠，獨立性不足，過於依附所屬系統和部門。這樣會導致智庫在對公共政策提出觀點時，過分顧及本系統和本部門的利益，而缺少全局觀，從國家層面上來說，不利於符合公共利益的公共政策的形成。
對此，黨政軍下設智庫的領軍人物要有寬廣的視野和胸懷，其上級機關也要適度放鬆與智庫的關係，使其能更好地發揮外腦的作用。
社科院智庫：理論研究與應用研究相輔相成
社科院基礎理論研究歷史悠久，但在相當長的時間內也一直承擔著為政府建言獻策的功能。
在目前發展智庫的大環境下，中國社科院被寄予厚望的同時也面臨轉型的挑戰。中國社科院學科配置較為齊全，科研人員規模龐大、政策影響力、學術影響力、社會影響力、國際影響力均在全國名列前茅，建設智庫已經具備了非常好的基礎。筆者認為，其在轉型中應該著重注意以下幾個方面：一是要保持基礎理論研究的優勢，並使其成為應用研究的強有力支撐。二是要注重培養應用研究人才，在資金分配、課題內容方面向應用研究傾斜，逐漸形成基礎研究與應用研究平分秋色又相輔相成的局面。三是作為唯一的國家級社科院，要將研究重點放在長期性、戰略性研究上，著重解決一些需要理論和科學調查支撐的問題。四是要注意各學科、各二級研究單位的融合。與普通研究機構相比，跨學科性是智庫的一大突出特色。因此，中國社會科學院要利用好學科齊全的優勢，在培養、建設智庫時有意識地打破各研究所的行政藩籬，整合已有學術成果，更加高效、有針對性地進行研究。
相對而言，地方社科院在智庫轉型中面臨的挑戰更大一些。地方社科院目前的普遍狀況是：規模較小，研究人員數量有限，學科配置相對不齊全﹔資金不足，行政撥款和課題經費都有限。根據筆者對地方社科院的調查，發現其在向智庫轉型的過程中遇到了一些問題：第一，因為研究人員有限，如果向應用研究轉型，就沒有精力再去顧及基礎理論研究。筆者認為，地方社科院已經形成的基礎理論研究優勢不應荒廢，強行將其改為應用研究是舍本逐末之舉。第二，在經費有限的條件下，地方社科院的文史哲研究人員出路何在？這需要全國人文社會科學的整體規劃和通盤考慮。第三，智庫要求對策研究的數量和質量，社科院現有的評價體系中沒有將這部分重要工作和成果體現出來，影響轉型為智庫專家的研究人員的晉升，因此出現了院領導著急轉型而研究人員沒興趣、不配合的情況。
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