亨廷頓於1993年在《外交雜誌》(Foreign Affairs)上發表“文明的衝突？”長篇論文，隨後將其擴展為專著出版。迥異於福山的西方價值觀將成為人類社會終極模式的樂觀主義觀點，亨廷頓認為，冷戰結束後，世界不但不會太平無事，而且“也許我們正處於世界最黑暗的時代，文明可以被野蠻替代。文明衝突可能是世界和平最大的威脅。”而人類社會“衝突的主要根源將是文化；各文明之間的分界線將成為未來的戰線。”是該書的核心思想，同時也是亨廷頓最著名的預言。文章和著作發表之初，輿論大嘩，認為亨廷頓已成為不合時宜的老古董，但911恐襲發生，以及隨後15年間發生的一系列事件，從美國捲入阿富汗和伊拉克戰爭，直到前不久發生的法國巴黎和美國加州恐襲案，文明衝突愈演愈烈，都讓人們不禁每每佩服亨廷頓的先見之明。
亨廷頓認為，冷戰結束後，世界格局的決定因素表現為七大或八大文明，即中華文明、日本文明、印度文明、伊斯蘭文明、西方文明、東正教文明、拉美文明，還有可能存在的非洲文明。冷戰後的世界，世界衝突的基本根源不再是意識形態，而文化方面的差異，主宰全球的將是“文明的衝突”。而在這八大文明中，對西方文明威脅最大的將是伊斯蘭文明和中華文明。
在“伊斯蘭與西方”這一章裡，亨廷頓開篇便說：“一些包括克林頓總統在內的西方人認為，西方只是與伊斯蘭極端主義暴力分子之間存在問題，而不是與伊斯蘭世界之間存在問題。但是，1400年的歷史卻提出了相反的證明。”他甚至說：“伊斯蘭文明是唯一使西方存在受到過威脅的文明，而這種情況至少發生過兩次。”
除了以中東地區為核心的伊斯蘭文明之外，亨廷頓認為“中國的崛起對美國形成了更根本的挑戰。”因為“中國作為東亞占主導地位的地區大國的狀態如果繼續下去，將對美國的核心利益構成威脅。”因為一百多年來，美國一直奉行在世界任何地區阻止任何占絕對主導地位的大國，並為此不惜將自己捲入戰爭。
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