在被問及教會是否會考慮為預防寨卡病毒的傳播而採取避孕措施時，教皇說：“避免懷孕並不是一個絕對的罪。”他還提到前教皇保羅六世曾經做出的一個決定，稱“在某些情況下”可以“兩罪取其輕者”。
1960年代，由於非洲部分地區的修女面臨遭強姦而懷孕的風險，保羅六世治下的教誨曾允許當地修女預備避孕措施。
基於預防原則，世衛組織建議，要保證所有寨卡病毒感染者及其性夥伴（尤其是孕婦）都能了解性傳播寨卡病毒的潛在風險、避孕措施和安全性行為等相關信息，並在可行條件下為上述人群提供避孕套。
建議稱，如果孕婦的性夥伴生活在或來自於寨卡病毒傳播地區，應該在孕婦孕期採取安全性行為或禁欲；由於大多數寨卡病毒感染無症狀，生活在病毒傳播地區的人群應考慮採取安全性行為或禁欲。
聯合國和各援助組織都敦促遭受寨卡病毒侵襲的國家確保女性能獲得避孕措施以降低感染風險，並希望她們有權在決定終止妊娠後採取墮胎措施。
很多拉美國家都將墮胎列為不合法行為——除非胎兒母親的生命處於危險。一些拉美國家的少女在意外懷孕，甚至遭到強姦後也會被迫把孩子生下來。
拉美國家的一些天主教領袖最近已開始堅稱教會反對被其描述為“人工”手段的生育控制和墮胎措施。
巴西全國主教聯盟（CNBB）秘書長史丹納（Leonardo Ulrich Steiner）表示，小頭症在巴西已經存在了很多年，那些呼籲避孕的人只是利用當前情勢舊事重提。
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