而柯米通知國會的舉動，也讓FBI和司法部間出現緊張關係，FBI內部也有爭論。
根據美國媒體披露，他給FBI的內部通知中說，雖然FBI通常不將正調查中的案件通知國會，但有鑒於最近幾個月在國會聽證時他說明相關調查已完成，現在又有新發現，“我覺得有義務這麼做”；“如果不補充這些相關紀錄，是誤導美國民眾”。
然而，柯米在信中卻也強調，在相關新發現的一系列電郵中，仍不清楚和希拉里.克林頓“電郵門”的關聯性，他也不想造成誤導的印象，儘管他深知，在選舉期間，遞交給國會這樣的一封信，有極大風險遭到誤解，但他仍希望FBI調查人員聽到來自他的親自說明。
明知高風險仍為之，FBI局長的職務為了司法的公正超然，是有10年任期制，美國總統奧巴馬2013年任命曾登記為共和黨籍的柯米為調查局長，而柯米這次的抉擇，已引發的政治效應與影響，美國媒體則關切，若希拉里.克林頓最終仍當選，兩人間的互動，關乎如何維持美國司法的中立與超然。 |
