陳水扁勝選後，柯承亨擔任是其依重的人物。在台灣地區的情治系統基本上是由國民黨人掌握的不利情況下，陳水扁就決定委任柯承亨為“國安會”諮詢委員，主管軍事、情報、軍購、兩岸和對美關係，為其在情治系統擔任“監軍”的角色。後來更將柯承亨晉升為“國安會”副秘書長，並擔任“國防組”召集人，負責跨組協調及強化聯繫，直接參與陳水扁有關“國安”、“國防”事務的決策。二零零四年，外傳台灣正在秘密研製核武器，據國際情報和分析人員多方求證，柯承亨就是負責研發的“五人小組”成員之一。二零零五年五月，連戰、宋楚瑜連袂訪問大陸，柯承亨就在衡山指揮所內，主持“玉山專案”大型電腦軍演，完全按照實戰要求演練在緊急情況下當局各部門的危機處理能力。此次演習，深受陳水扁和謝長廷的好評。為此，陳水扁任命他為“國防部”軍政副部長，作為對以國民黨及外省籍人士為主的軍事機構的“監軍”。另外，柯承亨在“國防部”的實權最具體的表現就是涉龐大利益的軍購決策權。依分工，柯承亨是軍政副部長，但美台國防工業會議上不乏他的身影；“立委”組成的潛艇考察團，也是由柯承亨領隊，還添加參訪預警機製造廠的行程，重要的軍火商都知道誰才是真正應該遊說的對象。據說本來陳水扁是有意讓在他在熟悉“國防部”的業務之後，將其提拔為“國防部長”，以實現“國防部長綠化”的，但後來因為涉及“巴新弊案”檢方搜索他位於“國防部”的辦公室，損害“國防部”的形象，而引咎辭職。
因此，如果說蔡英文安排田弘茂出任海基會董事長，是不顧海基會的交流、談判、服務性質，而要安撫深綠和“獨派”的話，那麼，她安排柯承亨出任海基會副秘書長，那就是為了調和與陳水扁的關係。實際上，蔡英文為了當選“總統”，討好中間選民，而與陳水扁的關係若即若離，只是公開表態同情陳水扁的“司法程序正義”及程序，而從未關心陳水扁的案情，及說一句“好話”，更不考慮特赦陳水扁的問題。這當然引發陳水扁的不快，及“一邊一國連線”的不滿。現在，在自己的政績一塌糊塗，民調直直落超越“死亡交叉”，及與“一邊一國連線”關係密切的台南市長賴清德正虎視眈眈自己的“總統”職位的情況之下，她不得不注意搞好與“一邊一國連線”的關係，因而作出了這個安排，以舒緩“扁迷”們的不滿。
但是，這就將使本已進入“冷和”狀態的海峽兩會的關係，更讓對岸猜疑和質疑。因為海基會副秘書長往往是兩岸協商的主將，實際上在海基會早期，海基會副秘書長就是事務性協商的主將，七次事務性協商都是由海基會副秘書長領銜，談出成果後交由副會長/副董事長級亦即“唐焦會談”敲定並簽署協議（但遭到“陸委會主委”黃昆輝阻攔而未能簽成）。儘管說，海基會的幾位副秘書長，並非每一位都是談判主將，但蔡英文擺著這麼一個“國防專家”在此，叫對岸如何相信蔡英文的“誠意”？
還有，即使是在台灣當局自己內部，也勢成扞格之態。本來，在經歷了一定時間的衝突及磨合，尤其是當年的“海陸大戰”之後，為了理順陸委會與海基會的委託與被委託，指導與執行，後方與前方的關係，海基會的秘書長級人事，由陸委會派員兼任，以比照大陸國台辦與海協會其實是“一套人馬”的做法。但柯承亨並非是陸委會的現任官員，過去也從未在陸委會任過職，而他所取代的張天欽就是陸委會的副主委兼任，這就形成打亂既有的機制。由此可見，蔡英文壓根兒就沒有想到要恢復兩岸談判協商。或是換一句話說，她在看到對岸實施“停擺”措施，協商無望後，那就索性“擺爛”，先滿足了“扁迷”再說，其後如何解套，可以不理。 |
