本來，蔡英文在去年一月勝選後，當初在籌建“總統府”班子時，是有意讓在自己出任民進黨主席時，出任民進黨秘書長和智庫主持人，幹得有色有聲的吳釗燮出任“總統府”秘書長，以繼續弼輔自己，並希望能讓邱義仁重新出山，出任“國安會”秘書長的。邱義仁思維縝密，論述犀利，而且也擅長於選戰操盤尤其是戰略分析，因而是“國安會”秘書長的最佳人選。但邱義仁似乎在二零零八年涉入“巴新案”後，官司纏身，心灰意冷，對再次出任政治公職興趣缺缺。尤其是得知黃志芳將會出任“新南向辦公室”主任，與“國安會”人員同樣在“總統府”上班後，就更不願接任“國安會”秘書長，因為他極為不忿黃志芳在“巴新案”中，對其落井下石的表現，因而與其有“不共戴天之仇”。
由於邱義仁拒接“國安會”秘書長，蔡英文只好讓吳釗燮“頂上”；並找來自己當年在“國安會”工作並為李登輝研擬“特殊兩國論”時，得到其實質幫助的“國安會”副秘書長林碧炤，也不顧得他是“老藍男”，填充原應屬於吳釗燮的“總統府”秘書長職缺；另一方面則滿足邱義仁的意願，讓他出任亞東協會的會長。實際上，他曾在日本留學及講座研究，對日本政情極為熟悉，因而在蔡英文競選“總統”過程中，安排她訪問日本，得以見到安倍晉三的弟弟；而他之所以願意“屈貶”自己出任此職，其實是為了制衡在“前方”的駐日代表謝長廷，繼續“新潮流系”與謝長廷的恩恩怨怨——儘管自己已經不再參與“新潮流系”的活動，但心仍在“新潮流系”，以“永遠的流員”為自況。
然而事實證明，吳釗燮雖然忠心耿耿，但卻缺乏出任“國安會”秘書長所需的戰略思維及政治頭腦，因而在處置“雄三誤射”等危機事件時頗為被動，這也構成了蔡英文的民調陷入“死亡交叉”的重要因素。因而不少人說，倘“國安會”秘書長是邱義仁，就不會至於如此。因此，蔡英文有意重邀邱義仁接任“國安會”秘書長，而吳燮釗則改任“總統府”秘書長或是駐美代表。這樣就是各適其所用對人，而且還可排走“老男藍”林碧炤或高碩泰。
而在後來，林碧炤“未排自走”，由“總統府”副秘書長劉建忻暫時代理，卻是兩個多月未見“真除”。吳釗燮也並未被按照原計劃接任“總統府”秘書長，仍然呆在“國安會”秘書長的位子。可能是後來適逢美國總統大選，特朗普“爆冷”當選後，其對台海政策亂了章法，讓蔡英文又驚又喜但更疑慮，需要“知美派”吳釗燮繼續鎮守“國安會”，以加強對美國政情的蒐集及研究。 |
