與此同時，隨著新世紀中國赴日留學和訪問人員的不斷增加，中國留日訪日人員也成為了日本開展涉華智庫外交的主要目標人群之一。
為配合日本對華外交總體戰略，日本各大智庫通過發出邀請、提供經費、聯合研究等方式，不遺餘力地對中國留日訪日人員，特別是其中的高校教師、科研機構研究人員和智庫專家學者進行思想滲透。
其具體表現為：在歷史認識、領土糾紛等大是大非問題上，向中國留日訪日人員宣揚灌輸歷史虛無主義觀念，為日本給軍國主義翻案招魂培植代言人；在中日關係上，操控、慫恿中國留日訪日人員炮製散布突破中國國家利益底線的所謂對日“新思維”“新理念”，干擾中國對日外交戰略的制定和實施；在意識形態上，利用中國留日訪日人員吹捧兜售日本政治體制和社會制度，企圖削弱瓦解中國人民對於中國現行制度優越性和對於中華民族偉大復興的信心；在研究課題上，欺騙誘導中國留日訪日人員從事大量日本智庫難以涉足的中國國內問題研究。無論是生理數據、糧食產量、地質構造、礦產分布、氣候變化等自然科學研究課題，還是少數民族文化、農村土地制度、基層政權建設等社會科學研究課題，中國留日訪日人員在研究本國問題時得天獨厚的優勢，往往讓日本智庫得以通過公開合法的學術途徑，獲取事關中國國家安全的核心信息和數據。這一現象尤為值得警惕。
當然，儘管日本近年來在涉華智庫外交方面呈現出上述諸多變化，發展出了不少新花樣和新玩法，但是我們應該認識到，日本涉華智庫外交仍然有幾個基本特點沒有發生變化，並且在將來也將長期保持下去。
第一，作為日本公共外交乃至整體國策的一個重要組成部分，日本涉華智庫外交服從和服務於阻遏遲滯中國崛起這一日本對華外交根本目標的本質不會變。具體而言，在近一個時期，日本涉華智庫外交則將更多地在安倍政權對華“兩面性”外交中扮演偽善、矯飾的一面。在對國際知名智庫和學者施加不利於中國之影響方面，其手段也勢必更加巧妙隱蔽。而中國想要識破揭穿其伎倆，也需要付出更大努力。
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